Pero 38 años más tarde, todavía estaba inconclusa, y muchas cosas no previstas ocurrieron en relación con el edificio.En 1826, por la rebelión de José María Córdoba, el Claustro es ocupado y semidestruido por sus tropas.En 1850, durante la gobernación de Pedro Justo Berrío, se ordenó terminar el proyecto que habían dejado inconcluso los Franciscanos.En 1925 las obras estaban prácticamente terminadas junto con el torreón, que es símbolo de la edificación.Sin embargo, cuando los jesuitas trasladan el colegio a su sede actual en 1957, entra en un período progresivo de deterioro y decadencia.En los últimos años fue sede del Instituto Tecnológico Cesde y de la Policía.Después de 70 años, esta comunidad religiosa le vende a comfama la edificación del Claustro para su restauración.
Plano del Colegio, del Convento y de la Iglesia de San Francisco (Actual Iglesia de San Ignacio), situado en la actual Plazuela de San Ignacio.