Durante sus prácticas conoció las obras de su coterráneo Victor Horta y del holandés Hendrik Petrus Berlage, que lo influenciaron.Fue licenciado del servicio militar por las heridas que sufrió en combate, pero continúo en el ejército a cargo de la enseñanza bilingüe en Calais, en la frontera con Francia.Los unió la afición por el tenis y la natación, que practicaban a nivel competitivo.Durante el servicio militar, que duró hasta 1918, nacieron sus hijos Jean y Godefroid.La capital antioqueña fue en las primeras décadas del siglo XX una pequeña ciudad de unos cien mil habitantes.Esta comenzaba a industrializarse y su clase dirigente estaba viviendo un momento muy intenso de afirmación cultural.Sin embargo, a raíz de los problemas económicos del fisco departamental, la obra debió aplazarse y solo pudo abrir sus puertas cuatro años después, además de haberse reducido la edificación a una cuarta parte del diseño original.Además de las edificaciones gubernamentales, Goovaerts se integró a la élite regional, para la que le diseñó residencias, hoteles, teatros y restaurantes.Además, llevó a cabo la redacción y diagramación de Ediciones Servir, órgano de prensa que manejaba distintos temas turísticos y técnicos, actividad en la que utilizó sus conocimientos como diseñador.En este lapso creó sus proyectos más grandes, los cuales casi ninguno se conserva como el Teatro Junín (que también albergaba el hotel Europa), la Cárcel Celular de La Ladera, el edificio Ismael Correa y el edificio Calpe, sede de la Alcaldía en los años veinte.En total, diseñó durante su periodo colombiano participó en 73 proyectos, incluida la remodelación de 40 iglesias.
