Su planta es rectangular, su interior está dividido en tres naves longitudinales, la principal o central y dos laterales.
La construcción se terminó en 1809 con los planos de Fray Luis Gutiérrez.
A raíz de la independencia, los franciscanos salieron del Colegio y del Convento pues varios eran realistas y los que eran patriotas se secularizaron o sea se incardinaron como sacerdotes diocesanos.
A comienzos del siglo XX sufre grandes reformas, entre la más destacada sobresale las de los arquitectos Agustín Goovaerts y Félix Mejía.
El interior muestra un diseño totalmente colonial y la nave central se encuentra cubierta por bóvedas de cañón y losas de concreto en las laterales.