Los Franciscanos calcularon en ocho o diez años la duración de la obra.

Pero 38 años más tarde, todavía estaba inconclusa, y muchas cosas no previstas ocurrieron en relación con el edificio.

Cada vez que hubo guerra fueron desocupadas las aulas donde se acuartelaron las tropas.

Esa historia de guerras, cierres indefinidos de las aulas, ocupaciones militares y deterioro paulatino duró hasta 1908 cuando Tulio Ospina, rector encargado por aquellos días, y más tarde Miguel María Calle, encomendaron al maestro Horacio Rodríguez la tarea de darle a la Universidad el edificio que se merecía.

En su construcción se pusieron en práctica todos los conocimientos arquitectónicos de la época.

Para la remodelación se contempló, desde un principio, la necesidad de replantear la estructura general del edificio original.

Surge así una arquitectura pensada para la ciudad, sus necesidades, pretensiones y aspiraciones.

Sin embargo, continuó usando materiales y sistemas de construcción tradicionales.

Obras como las del Teatro Bolívar y la Universidad de Antioquia contienen lo que se podría llamar un "eclecticismo constructivo".

Toma realce con la torre en madera que destaca el acceso principal.

Sobresale la decoración en puertas, ventanas, capiteles, cornisas, arcos y balaustradas.

Los materiales utilizados en su construcción, a través de dos siglos han sido: Fundaciones en piedra de canto rodado sin ningún aglomerante, muros mixtos en tapia, piedra, ladrillo, adobe.

Se realizó un reconocimiento preliminar del estado general del edificio en el cual se detectó: Deterioro progresivo en pisos, entrepisos, muros, estructura principal, cubierta, ornamentación en general, etc., ocasionado por asentamientos diferenciales en el terreno, humedades a través de la cubierta, producidas por deterioro en canoas y bajantes, sobrecargas, además de las diferentes intervenciones de que ha sido objeto sin respetar ni el diseño ni la estructura del mismo.

A pesar de que ya no es la sede principal de la universidad, hoy en día el Edificio San Ignacio mantiene una agitada vida cultural y académica.

Para esta razón se creó la Fonoteca la cual cuenta con los medios adecuados para el cuidado y conservación de la memoria sonora, que la Emisora ha estado recopilando.

Fondo Fidel Cano: Con 250 elementos de gran valor, entre ellos retratos al óleo, bronces y la prensa Washington donde se imprimió el primer periódico El Espectador hace más de 120 años; nos permite conocer la dimensión del personaje y de la empresa periodística más antigua y aún vigente en Colombia.

Fondo Bertha Zapata Casas: Con unos 25 elementos, entre diplomas, mosaicos, condecoraciones, fotografías, libros y un retrato al óleo realizado por el artista Alfonso Góez, define un perfil claro de la primera abogada graduada por la Universidad de Antioquia.