Medellín se desarrolló en una colina situada en la cuenca baja de la quebrada Santa Elena.

[1]​ En un principio, este curso de agua fue conocido como riachuelo Aná o quebrada Aguasal.

[2]​ Aún conserva su lecho natural desde su nacimiento hasta el teatro Pablo Tobón Uribe; además en las comunas de Villa Hermosa y Buenos Aires es aún un referente ambiental sumamente importante, teniendo un parque lineal y propiciando que el Tranvía de Ayacucho rodee sus márgenes en algunos puntos de su recorrido.

El Túnel de Oriente, que atraviesa transversalmente la cuenca, podría ocasionar infiltraciones.

Cuenta con numerosos afluentes entre los que se destacan las quebradas La Castro (principal tributaria), San Pedro, La Bocana, La Palencia, La Loca, Chorro Hondo, Media Luna, Avícola, Santa Bárbara, entre otras.