El Gran Premio de Malasia de Motociclismo de 2006 fue la decimotercera prueba del Campeonato del Mundo de Motociclismo de 2006.
Tuvo lugar en el fin de semana del 8 al 10 de septiembre de 2006 en el Circuito Internacional de Sepang, situado en Sepang, Selangor, Malasia.
La carrera de MotoGP fue ganada por Valentino Rossi, seguido de Loris Capirossi y Dani Pedrosa.
Jorge Lorenzo ganó la prueba de 250cc, por delante de Andrea Dovizioso y Alex de Angelis.
La carrera de 125cc fue ganada por Álvaro Bautista, Mika Kallio fue segundo y Héctor Faubel tercero.