[1]​ Ha sido junto a Álex Crivillé, Alberto Puig, Sete Gibernau, Toni Elías, Dani Pedrosa, Jorge Lorenzo, Marc Márquez, Maverick Viñales, Alex Rins, Joan Mir, Jorge Martín y Aleix Espargaró los únicos españoles ganadores en 500cc-MotoGP.

Para 1999 decidió firmar con el equipo oficial Yamaha teniendo como compañero a Max Biaggi y terminó la temporada en 7.ª posición.

Consiguió su primera pole position en la categoría en el Miller Motorsport Park de Estados Unidos y sus dos primeras victorias en la categoría en el mismo fin de semana, que consigue también la pole position, dominando por completo al conseguir también la vuelta rápida en las dos carreras.

Con las 500 cc 2T era más pilotaje puro, tenías tú el control del puño y los neumáticos tampoco estaban tan desarrollados como ahora.

Consigue 8 triunfos más, hasta que al llegar a la penúltima prueba en Magny Cours, se corona campeón del mundo de Superbikes tras realizar un nuevo doblete.

Aunque sigue luchando por los puestos de cabeza, consiguiendo 9 podiums, entre ellos 4 victorias, terminando el año en cuarta posición.

[3]​ Terminando prematuramente al volcar en la tercera etapa sin poder continuar por los daños a su vehículo.