Biaggi logró dos victorias en la República Checa[7]​ y Malasia[8]​ y quedó en segundo lugar en la clasificación general, al igual que Yamaha quedó en el segundo lugar en el campeonato de constructores.

Los pilotos de la M1 fueron Carlos Checa, Alex Barros, Olivier Jacque, Marco Melandri, Shinya Nakano y Norifumi Abe.

Fue ampliamente criticado no solo por sus detractores y periodistas, sino también por muchos fanáticos, que incluso aseguraban que él no sería capaz de llevar a la YZR-M1 al nivel de la Honda RC211V.

[11]​ Este fue un movimiento astuto, y Rossi lo citó en su autobiografía como fundamental para proporcionarle la base sólida necesaria para lanzar un ataque al campeonato con la YZR-M1.

Después de un frenético invierno de desarrollo y pruebas, el equipo mostró al mundo que habían dado un paso significativo en la dirección correcta, cuando Rossi y la M1 ganaron el automóvil BMW en la prueba IRTA de pretemporada 2004 en Cataluña, al registrar la vuelta más rápida.

En una gran carrera, Rossi logró la victoria y no solo silencio a sus críticos, sino que se convirtió en el primer piloto en la historia en ganar dos grandes premios consecutivos con dos constructores diferentes.

Al hacerlo, también logró uno de los grandes golpes en la historia del campeonato del mundo, ganar el título con las dos grandes marcas japonesas Honda y Yamaha.

[20]​[21]​ La asociación entre la YZR-M1 y Rossi continuó dominando en 2005, ganó el campeonato con un margen de 147 puntos sobre el piloto del Movistar Honda MotoGP Marco Melandri en segundo lugar.