A diciembre de 2014, ha conseguido 9 victorias y 18 segundos puestos, en la categoría.

En 2007 volvió a correr en MotoGP con el equipo Yamaha Tech 3, donde puntuó en 15 carreras de 18, y obtuvo un cuarto puesto en Motegi como mejor resultado, de modo que concluyó 16.º en el campeonato.

Obtuvo una victoria y 3 podios más en las primeras cuatro fechas de la temporada, sin embargo, durante la preparación para la carrera 5 en Donington Park, Guintoli estuvo involucrado en una accidente con Josh Brookes, que lo dejó con una fractura de tibia y peroné de la pierna derecha, perdiéndose varias fechas En 2010, Guintoli se convierte en piloto titular del Campeonato Mundial de Superbikes con una Suzuki del equipo Alstare; sumó puntos en todas las carreras salvo una, finalizando séptimo en el campeonato.

Además reemplaza en MotoGP al lesionado Loris Capirossi en la Ducati del equipo Pramac Racing en el Sachsenring.

En 2012 consigue tres victorias en el Mundial de Superbikes, pero con algunos abandonos, finalizó séptimo en la tabla general.