En 2009 empezó de manera espectacular, con dos victorias consecutivas,[1]​ que le ponían como líder del Campeonato y serio aspirante al título, pero su inexperiencia y su irregularidad le relegaron a la séptima posición del campeonato al finalizar la temporada.

Después, el piloto italiano dijo a la prensa: "Yo no le he tocado porque me da asco.

Si me hubiera conformado con el segundo no habría pasado esto, pero quería ganar".

Fue sancionado en Barcelona, cuando recibió una penalización ride-through por adelantar Yuki Takahashi bajo condiciones de bandera amarilla.

La próxima carrera fue Mugello, tuvo varios problemas técnicos con la moto y acabó quedando de 13.º.

La siguiente fue Assen, Holanda, circuito donde las Ducati no rodaron nada bien.. Al final acabó en la 13.ª posición.

Después del parón de verano, llegó Indianapolis, donde lució un casco especial hecho por un fan.

Y en la última carrera en su nueva temporada de GP se cayó acabando las últimas vueltas de carrera, por lo tanto no puntuó y acabó en el campeonato en la 12.º posición con 57 puntos.

En Misano salió desde la primera fila en la pole position, en el segundo puesto, incluso por delante de Valentino Rossi y Marc Márquez.

Después vino la gira asiática donde no tuvo mucha suerte, en Japón quedó 6, pero en Australia tuvo que retirarse por una caída donde se hizo bastante daño y no pudo correr en la siguiente carrera en Malasia.

Volvió con energía para Valencia donde estuvo a punto de hacer la Pole position, pero Valentino Rossi se la robó en los últimos instantes.

En su primera carrera hace podio, quedando en tercera posición tras Valentino Rossi y, su compañero de equipo, Andrea Dovizioso.