Además, el Ministerio de Fomento realizó numerosas inversiones para mejorar tanto las infraestructuras como el material rodante.
Tras las cesiones realizadas a las autonomías, la red ferroviaria de FEVE quedó centrada principalmente en la zona cantábrica.
Estas líneas y ramales eran las siguientes: También existen diversos ramales industriales que comunican la red general de FEVE con cargaderos de industrias particulares y puertos marítimos.
En Galicia operaba la línea de cercanías entre Ferrol y Ortigueira.
En la Región de Murcia también contaba con una línea entre Cartagena y Los Nietos.
[9] En los años de presidencia de Ángel Villalba, que fue presidente de FEVE durante el gobierno de José Luis Rodríguez Zapatero, también hubo varias polémicas en torno a su gestión de FEVE:[10] en 2011, siendo todavía presidente, se adquirieron inicialmente cuatro convoyes ferroviarios (aunque el número se elevó finalmente a 28 trenes) que tuvieron que ser desechados y revendidos otra vez,[11] porque fueron encargados sin llegar a existir una red ferroviaria por la que pudieran circular.
En 2023, se acometió la integración tarifaria en los núcleos que lo permitían (Asturias, Cantabria y Bilbao), integrando así el ancho métrico en la mayoría de núcleos y deshaciendo la separación de métrico e ibérico que había en estas provincias.
Actualmente solo quedan la 1505 y la 1510 (ambas en Aboño) CAF-Sunsundegui, Alsasua 2011-2029 2111-2131 2141-2145 3625-3642 NOTA: En negrita, modelos que continuaban en activo en la desaparición de la compañía.