La empresa está dirigida por un gerente de designación directa por parte del Gobierno Balear.

En 1997 comenzaron las obras para reabrir el tramo Inca-La Puebla finalizando en el año 2000.

La estación intermodal se considera una de las más impresionantes por su sistema constructivo y su amplitud, permitiendo las futuras ampliaciones de las líneas operadas por SFM.

Antiguas unidades diésel de la Serie 61 para la línea Empalme - Manacor y Enlace - La Puebla Después de la electrificación total fueron vendidas a otros países, como a Francia.

Cuatro unidades Tren-tram de la Serie 91 utilizada para los servicios exprés entre Palma e Inca (Inca Express); y que se utilizará en la línea de Manacor-Artá cuando se recupere.

Algunas unidades han empezado ya a dar servicio en la línea M1 del metro de Palma, la cual ha aumentado su frecuencia de paso en horas punta.

Las obras se han aprovechado para transformar una estación intermodal donde para las líneas de tren operadas por SFM, líneas de autobús interurbanas y metro.

Esta obra fue polémica, ya que se quiso aprovechar el espacio dejado por las vías del tren (al soterrarse) por una nueva vía de entrada de vehículos a la ciudad, mientras que los vecinos pidieron la conversión en un parque; al final ha quedado un parque con una calle por donde antes circulaban los trenes.

Las obras finalizaron en 2007 y el metro fue inaugurado en abril de ese año.