[1] Tras menos de un mes, se fusiona con el «Club Talleres», naciendo así el «Club Atlético Ferro Carril Oeste», en honor al ramal del tren (Ramal ferroviario General Pico-Telén) que pasaba por la ciudad.
Tras la instauración del Campeonato Nacional, se creó también el Torneo Regional para los equipos del interior afiliados a las ligas regionales que se encontraban fuera de la órbita de la AFA y que le perimitía a dichos clubes acceder al Nacional.
En 1986, All Boys de Santa Rosa y Ferro, tras obtener ambos equipos sus respectivos certámenes ligueros, se enfrentaron para determinar cual de los dos clubes obtenía la plaza por la La Pampa en el nuevo Torneo Nacional B creado por la AFA, pensado para darle un torneo con continuidad a los equipos del interior del país.
En el partido de ida jugado en el "Coloso del Barrio Talleres" fue empate a uno, lo cual parecía darle el ascenso al elenco de la capital, pero tras ganar como visitante, fue Ferro el equipo que obtuvo el ascenso por la provincia al nuevo Torneo Nacional B.
En dicho torneo se cruzaban 6 equipos provenientes del Torneo del Interior y dos equipos de la Primera B Metropolitana; Ferro se enfrentó a Argentino Oeste de San Nicolás y quedó eliminado, en lo que fue una dura derrota 5 a 1 como local y otra por 3 a 1 como visitante, para terminar con las ilusiones del ascenso.
El equipo integró el "Grupo A" de la Región Sur, junto a: Alianza (Cutral Có), Villa Congreso (Viedma), Lamarque (Luis Beltrán), Don Bosco (Zapala) e Independiente (Río Colorado), donde tras diez partidos, quedó segundo y quedó eliminado pues solamente avanzaba el ganador del grupo.
Este nuevo torneo era similar a los campeonatos Regionales, es decir, para participar había que ser al menos, campeón de la Liga Regional, y es por ello que Ferro no volvió a disputarlo sino hasta el 2005.
Para ese año, cuando Ferro volvió a ser campeón local, el Consejo Federal dispuso crear una nueva categoría, el Torneo del Interior, por lo tanto, el equipo volvió a los certámenes federales en el Torneo del Interior 2005.
En el 2007, integró el grupo inicial con: Fortin Club (Pedro Luro), Villa Congreso (Viedma) y Sol de Mayo (Viedma); con doce puntos, se adjudicó el grupo y avanzó a la siguiente etapa, en la que fue eliminado por Football Club Tres Algarrobos, tras ganar 1 a 0 de local en la ida y caer 5 a 0 de visitante en la vuelta.
Nuevamente, sorprendiendo terminó primer de grupo, con cuatro victorias y dos derrotas, lo que le permitió avanzar a la cuarta etapa.
Allí finalmente quedaría eliminado en una serie bastante accidentanda ante General San Martín de Formosa.
[23][24] En el Argentino B 2013/14, el equipo estuvo en la zona 10, donde terminó quinto y dejó de participar.
Una nueva reestructuración de los torneos de fútbol, y según estipuló la AFA, se invitaría al nuevo torneo a crearse, a dos equipos por provincia siempre que no haya ninguno en alguna categoría superior.
Integró el Grupo 5, junto a: Alvarado (Mar del Plata), Independiente (Chivilcoy), Talleres (Córdoba), Tiro Federal (Rosario), Unión (Mar del Plata), Defensores de Belgrano (Villa Ramallo) y Libertad (Sunchales).
Participó del Grupo 1 junto a: Alvarado (Mar del Plata), Independiente (Neuquén), Cipolletti (Cipolletti), Belgrano (Santa Rosa), Alianza (Cutral Có), Deportivo Roca (General Roca), Deportivo Madryn (Puerto Madryn), Tiro Federal (Bahía Blanca), C.A.I.
En la etapa reválida integró el Grupo A, el que jugó frente a: Alvarado, CAI, Deportivo Madryn, Belgrano, Independiente (Neuquén), Alianza de Cutral Có (con quienes ya había compartido el grupo inicial), y Sportivo (Las Parejas), Maipú (Maipú, Gutiérrez (General Gutiérrez), 9 de Julio (Morteros), Tiro Federal (Rosario), Independiente (Chivilcoy).
Integró el Grupo C con: 01.º Defensores de Belgrano (Villa Ramallo), Alvarado , Club General Belgrano y Tiro Federal (Bahía Blanca) ; terminó en la tercera posición, y clasificó a la etapa final elimiatoria, como uno de los dos mejores terceros.
En la etapa inicial, integró el Grupo 2, con: Alvarado , Defensores de Belgrano (Villa Ramallo), Agropecuario , Rivadavia (Lincoln) y General Belgrano finalizó en la cuarta colocación lo que determinó que quede eliminado y deba afrontar la zona reválida.
La Zona Reválida la disputó con: Deportivo Maipú , Rivadavia (Lincoln), Independiente (Neuquén), Deportivo Roca, General Belgrano (Santa Rosa); si bien finalizó último en el grupo, el coeficiente de puntos obtenido a lo largo del torneo sumando las dos etapas jugadas, le permitió evitar el descenso.
Ocupó la cuarta posición, lo que le alcanzó para clasificar a la etapa siguiente.
Integró el Grupo B junto a: Círculo Deportivo (Nicanor Otamendi), Sansinena (General Cerri), Villa Mitre y Olimpo ambos de Bahía Blanca, Camioneros (Nueve de Abril), Deportivo Madryn (Puerto Madryn), Huracán (Las Heras), Deportivo Maipú (Maipú), Cipolletti (Cipolletti), Club Social y Deportivo Sol de Mayo (Viedma), Sportivo Peñarol (Chimbas), Sportivo Desamparados (San Juan), Estudiantes y Juventud Unida Universitario ambos de San Luis.
Ocupó la décima posición del grupo con una campaña de 43 puntos, 13 partidos ganados, 4 empatados, 13 periodos, 39 goles a favor y 38 en contra, quedando eliminado.