Su mejor desempeño en el torneo, lo obtuvo en la temporada 1999-00 cuando clasificó al hexagonal final y compitió por un ascenso a la Primera B Nacional.

[11]​ [12]​ [13]​ En consecuencia participó desde el año 2014 en el Torneo Federal A, que reemplazó al Torneo Argentino A como la tercera categoría del fútbol argentino, para clubes del interior; categoría en la que se mantuvo durante tres temporadas hasta un nuevo descenso.

Los alumnos de ayer se transformaron en integrantes del nuevo club, conservando y haciendo gala a los valores aprendidos en la escuela.

Ocupó la posición N° 7 (solo por delante de CAI) con lo que quedó relegado a jugar, en la segunda etapa del torneo, por la permanencia.

Tras el descenso a mediados de 2001, en la temporada siguiente debió participar del Torneo Argentino B, compartió el grupo inicial, con todos rivales del ámbito provincial: su rival de siempre All Boys, Ferro y Villa Mengelle de Jacinto Arauz; no tuvo problemas para adjudicarse el grupo y clasificar a la Fase Nacional del torneo.

Se adjudicó el grupo con comodidad, tras ganar los 6 partidos sin dificultades, y clasificó a la siguiente etapa.

Aunque luego, por la reestructuración de los torneos de fútbol para equipos del interior, no disputó ese campeonato, sino que fue invitado por la Asociación del Fútbol Argentino a disputar el nuevo Torneo Federal A 2014.

La obtención del Torneo del Interior 2014, y una nueva reestructuración, le posibilitó ser invitado [18]​ [19]​al nuevo torneo que se creó en reemplazo del Argentino A, el Torneo Federal A, ya que, según estipuló la AFA, se invitaría a dos equipos por provincia siempre que no hubiera ninguno en alguna categoría superior.

Integró el grupo 1 con: Alvarado (Mar del Plata), Independiente (Neuquén), Cipolletti (Cipolletti), Ferro (General Pico), Alianza (Cutral Có), Deportivo Roca (General Roca), Deportivo Madryn (Puerto Madryn), Tiro Federal (Bahía Blanca), y Comisión de Actividades Infantiles (Comodoro Rivadavia).

Ocupó la octava posición y no clasificó a la siguiente etapa, por lo que debió disputar la reválida.

Integró el Grupo C con: Defensores de Belgrano (Villa Ramallo), Alvarado (Mar del Plata), Ferro (General Pico) y Tiro Federal (Bahía Blanca).

En la etapa inicial, integró el Grupo 2, con: Defensores de Belgrano (Villa Ramallo), Alvarado (Mar del Plata), Ferro (General Pico), Agropecuario (Carlos Casares) y Rivadavia (Lincoln); finalizó en la sexta colocación (último) lo que determinó que quede eliminado y deba afrontar la zona permanencia.

La Zona Permanencia la disputó con: Rivadavia (Lincoln), Ferro (Pico) (con quienes compartió el grupo inicial), Deportivo Maipú (Maipú), Independiente (Neuquén), Deportivo Roca (General Roca); finalizó en la quinta colocación (anteúltimo) pero el coeficiente de puntos obtenido a lo largo del torneo sumando las dos etapas jugadas, no le permitió evitar el descenso.

Integró el Grupo B de la Región Pampeana Sur, junto a: su clásico rival All Boys (Santa Rosa); Tiro Federal, Liniers, Bella Vista todos de (Bahía Blanca); Embajadores, Ferro Carril Sud y Racing Athletic Club todos de (Olavarría); Huracán (Ingeniero White) y Deportivo Villalonga (Villalonga).

Sin embargo, la experiencia fue breve y volvieron a separarse al cabo de cuatro años.[23]​.

La sequía a partir de allí fue aún mayor pues tardó 25 años en volver a salir campeón; ese título fue en 1978, oportunidad en la que interrumpió una seguidilla de once campeonatos consecutivos ganados por All Boys (su clásico rival).

Nuevamente tendría una larga espera para obtener un título oficial de liga, el que logró 19 años después en 1997.

Allí integró el Grupo B el se que adjudicó, clasificando a semifinales de liga.

Volvió a repetir el título liguero en el año 2002, en una tarde lluviosa y nada menos que frente a su clásico rival All Boys, y para hacer más grande la hazaña, el campeonato lo logró en condición de visitante.

En esa instancia enfrentó a Independiente de Jacinto Arauz, Subcampeón del Sur.

También en Primera División, en 2014, se consagró campeón del Torneo Interasociativo al vencer en la final a Independiente de General Pico [33]​.

En juveniles, también en 2014, se consagró campeón provincial la categoría U-17 al vencer en la final a Pico F.C.

En 2017 los juveniles (u17) se coronaron campeón del provincial ganándole al clásico rival, all boys en el tercer partido.