Su mayor rivalidad es con Liga de Quito, al ser ambos los dos equipos más laureados y populares de la capital ecuatoriana, juntos protagonizan el Clásico Quiteño, en el cual Liga tiene una superioridad muy marcada, al ganar 3 finales (dos por campeonato ecuatoriano y una por Supercopa Ecuador).
Para tomar el mando del proyecto se escogió al técnico paraguayo José María Ocampo, el mismo que tuvo la responsabilidad de recorrer el país en busca de los talentos que conformarían finalmente al equipo.
[5] Llegaría el año 1967 y con este una nueva institución que a partir de aquella temporada acapararía títulos.
El Nacional no cumplió una aceptable actuación en la primera etapa del torneo, la medida correctiva fue designar como entrenador a una de sus figuras más experimentadas, Héctor Morales, quien reemplazaría al argentino Roberto Resquín.
En los años 70, El Nacional fue capaz de lograr lo que ningún equipo ecuatoriano había hecho en la historia del torneo profesional.
En 1982, 1983 y 1984 El Nacional repetiría la hazaña, para convertirse en doble tricampeón (bi-tricampeón), ya en los años 80, siendo el único equipo ecuatoriano que lo ha logrado hasta el momento.
Otra vez, Ernesto Guerra y el brasileño Roberto Abruzzesse, en dos ocasiones, serían los responsables de los títulos.
La campaña en 1986 fue igualmente destacada, jugó 44 partidos ganó 25 empató 12 y únicamente perdió 7, sin duda una temporada formidable.
El último rival que se le presentó en el Atahualpa fue el siempre difícil Deportivo Cuenca.
Es recordado el gol de cabeza de Dixon Quiñónez, que permitió el empate "criollo" y dejó paralizado al estadio y sin fiesta al equipo "torero" (favorito para ganar el título); era la décima estrella.
El título fue celebrado también por Antonio Valencia, transferido a mediados de año al fútbol español y vale aclarar que la joven figura del fútbol ecuatoriano, lamentablemente fallecida en 2005, Otilino Tenorio, fue la gran atracción del club en el primer semestre con sus goles Rojos.
El Nacional, repetiría el éxito en el año 2006, logrando el (bicampeonato) y otra vez, con Ever Hugo Almeida en el banquillo; pero, con la ausencia de figuras importantes como: Jorge Guagua, Félix Borja, Christian Lara y Alejandro Castillo, transferidos al exterior, con esto logra su décima tercera estrella.
El gobierno ecuatoriano decretó que las Fuerzas Armadas, ni ninguna institución pública puede aportar a una entidad, esta situación afectó mucho al club ecuatoriano, y los problemas económicos no se hicieron esperar, y por si eso fuera poco, uno de los misterios más molestos para el club, el manejo del capital obtenido por transferencias de jugadores de renombre al exterior; situaciones que se han venido acumulando y han salido a luz pública en estos tiempos.
El inicio de temporada fue irregular teniendo que disputar dos torneos: el local y la Sudamericana.
El Equipo logró clasificarse a segunda ronda tras vencer al San José de Oruro con una victoria 3-2 en Quito y un empate 1-1 en Bolivia.
En el torneo nacional, los resultados favorables le fueron esquivos, terminando la primera etapa en novena posición con 23 puntos gracias a 11 derrotas, 5 empates y apenas 6 victorias.
Tras la derrota ante Universidad Católica en la Fecha 8 de la Segunda Etapa, Rodríguez fue despedido, y su cargo lo ocupó un histórico ex-mundialista Édison Méndez.
Luego de la gran victoria que había alcanzado frente a Macará por 2-1 durante la penúltima fecha, En la última fecha, tras una derrota ante Orense, El Nacional consumó su descenso a la Serie B por segunda vez en su historia, la cual jugó en el año 2021.
En la Segunda Etapa, al empatar 1x1 ante Independiente Juniors en el último partido de la temporada, y la victoria del Gualaceo Sporting Club 1x0 ante el Atlético Santo Domingo, el Club Deportivo El Nacional no pudo conseguir su objetivo de ascender a la Serie A del 2022, quedándose en la Serie B de Ecuador una temporada más, y tercera temporada en la historia del club, en esta división.
Tras la no obtención del ascenso en el 2021, empezó su segunda temporada en la Serie B logrando el ascenso al derrotar al Libertad por 4-2, finalmente el equipo militar culminaría el año con una nueva victoria en la última fecha contra el Chacaritas y un pobre empate en la última fecha del cuadrangular semifinal contra el 9 de Octubre impidiendo su objetivo por clasificar a la final de la Copa Ecuador, además, el equipo militar clasificó a la Libertadores por gol diferencia al haber ocupado en tercer lugar de la Copa Ecuador.
El campeonato no solo significó el título número 15 para El Nacional, sino también la recuperación de un equipo que durante años trabajó para volver a ser protagonista del fútbol ecuatoriano.
El conjunto militar, a lo largo de su vida institucional, ha tenido varios presidentes destacados, entre ellos se encuentran el Gral.
Rodrigo Bohórquez, quienes son los presidentes que más ocasiones han ocupado el cargo con 4 años cada uno, el Crnl.
[41] El escudo del Club Deportivo El Nacional lleva los colores de la bandera ecuatoriana; amarillo, azul y rojo; un balón para representar el principal deporte de la institución y la letra N, en alusión al nombre del club.
Este encuentro es el que más veces se ha repetido en la historia del campeonato ecuatoriano, siendo El Nacional junto con Gualaceo quienes superan en triunfos al conjunto canario.
A partir de allí vinieron varios técnicos, donde destacan el italiano Vessilio Bártoli, quien conseguiría el primer título nacional del equipo en 1967, Héctor Morales, Ernesto Guerra y Roberto Abrussezze, quienes consiguieron 3 títulos cada uno.