Atlético Santo Domingo perdió la categoría desapareció el 14 de junio del 2022.

Los primeros partidos en la era profesional fueron amistosos como el que jugó contra Sociedad Deportivo Quito con un resultado en contra de 1 - 5;[6]​ en el Campeonato de Segunda Categoría de Pichincha[7]​ tuvo un inicio increíble ganando 4 partidos seguidos y un empate, hasta la fecha seis donde obtuvo su primera derrota en la Segunda Categoría, fue contra F. C. UIDE en Quito con el marcador de 1 - 0.

[8]​ Cerró como campeón de Pichincha y se clasificó a los zonales, en la segunda fase logró obtener el segundo lugar y clasificarse a la tercera etapa, ya en la tercera etapa quedó segundo con igual cantidad de puntos del primero pero con un gol menos lo que lo dejó fuera del cuadrangular final, en el torneo de Segunda Categoría de Pichincha 2017 terminaría siendo subcampeón detrás de la Espoli, mientras que el Segunda Categoría de Ecuador 2017 lograría ser campeón al empatar a cero goles en la última fecha ante el Orense Sporting Club, dándole su primer campeonato y el ansiado ascenso a la Serie B.

La camiseta actual lleva la marca de Yeliyan y su patrocinador principal es CNT.

Para la temporada 2018, el Deportivo Puerto Quito no puede usar dicho estadio, debido a que no cumplía con los requerimientos exigidos por la FEF para torneos de la Serie B; por tal motivo, la dirigencia gestionó con la Aso de Santo Domingo para poder disputar sus partidos de local en el Estadio Etho Vega.