Llegó a ser profesional de segunda división en 1967, sin embargo, no es hasta 1971 cuando se realiza por primera vez un torneo de la Serie B, ese año se titula campeón el Macará.
De esta manera en la segunda etapa del campeonato 1971 existen por primera vez las series A y B mientras que al mismo tiempo se disputaba la Segunda Categoría (que se inició en 1967).
En 1973 se suspendió, solo por ese año, la Serie B, dando lugar en la segunda fase del certamen a la conformación de un cuadrangular llamado Grupo B que se jugó, dos veces, más para determinar el descenso que por otra cosa y que ganó el Deportivo Cuenca y escoltado por la Universidad Católica.
En la segunda división serán los 4 mejores clubes que disputarán semifinales y final para definir al ganador.
[4] El Campeonato Ecuatoriano de Fútbol Serie B 2025, según lo establecido por la LigaPro, es jugado por 12 equipos que se disputan el ascenso en dos fases, una regular o clasificatoria y otra final o de ascenso.
[7] La fase final de ascenso se juega todos contra todos (10 fechas), al terminar el torneo el primero ubicado será proclamado el campeón, el segundo mejor ubicado será declarado subcampeón, ambos ascenderán a la Serie A de Ecuador de 2026.
Los primeros clubes descendidos a la Segunda Categoría fueron Patria y Español, en ese mismo año, sobre la base del puntaje negativo de la última temporada.