La primera victoria llegó una semana después con el Club Sportivo Loja, en el Estadio Federativo Reina del Cisne el club pindaleño se impuso por 3-1.

[7]​ En la campaña 2019 mejoró notablemente su desempeño, quedando al final del torneo provincial en segundo lugar y logrando una histórica clasificación a la fase zonal del torneo nacional de Segunda Categoría,[8]​ junto con Loja Federal se disputaron palmo a palmo el título de campeón provincial,[9]​ todo se definió en la última fecha del torneo,[10]​ ambos equipos se enfrentaron entre sí en el estadio Reina del Cisne, el marcador final favoreció al equipo federal por 3-1 y en la clasificación un gol más a favor en el total le otorgó el campeonato al cuadro lojano, 32 a 31 en cantidad de goles marcados fue el criterio determinante.

[12]​ En 2020 el club cambió a un nuevo proyecto deportivo,[13]​ que incluyó un cambio de nombre a Libertad Fútbol Club, Marlon Granda llevó al equipo a Loja debido a que la ciudad perdió su sitial en el fútbol profesional, el uniforme principal de equipo cambió a color naranja,[3]​ los entrenamientos del equipo se realizan en el Complejo Deportivo La Sede en la ciudad de Loja, lugar dónde también funcionan las oficinas del club y dónde el equipo se desempeña actualmente en la Segunda Categoría del Campeonato Provincial de Fútbol de la Provincia de Loja y milita de local en el Estadio Federativo Reina del Cisne.

Para la segunda etapa, Libertad empezó con un buen rendimiento al obtener durante las cinco fechas los suficientes puntos para mantenerse en la zona de ascenso, sin embargo después de la fecha 23 donde obtuvo una derrota en el último minuto contra el América de Quito por 2-1, Libertad presentó un rendimiento discreto que lo privó de estar en los primeros lugares de la tabla acumulada, después de disputar consecutivamente sus dos encuentros contra El Nacional logrando un empate 1-1 y una derrota por 4-2 donde el bi-tri consiguió el ascenso a la Serie A, el club se quedaba con pocas posibilidades de conseguir el ascenso, sin embargo debido a los resultados que obtuvo América de Quito que también perdió puntos importantes, así tenía un margen de error mínimo, en la penúltima como última fecha del campeonato logró dos victorias consecutivas frente Chacaritas y el Imbabura, lo que le garantizó el tercer puesto tras que América empatara 1-1 contra Independiente Juniors, a pesar de acabar en el tercer lugar debido al segundo puesto que alcanzó el Independiente Juniors y su condición como equipo filial de Independiente del Valle obtuvo el ascenso a la Serie A 2023.

se convierte en el nuevo inquilino de la Serie A. Juan Carlos León A confirmar Jorge Echeverría Carlos Caicedo Juan Pablo Ramón Fernando Feijó Luis Sarmiento