En 2005 debuta con Deportivo Cuenca en Primera Categoría A donde jugó en ese año un total de 10 partidos.
Para 2009 fue un jugador clave para que el equipo quede subcampeón de esa temporada siendo derrotado en la final por Deportivo Quito.
En el 2010 fue uno de los mejores jugadores del torneo teniendo brillantes actuaciones tanto en Campeonato Ecuatoriano como Copa Libertadores.
Pero tras la llegada de Luis Zubeldía en la segunda etapa el jugador volvió a recuperar su nivel mostrado antes en Deportivo Cuenca.
Matamoros, procedente del subcampeón de la temporada 2015 Liga Deportiva Universitaria, se mostró complacido por llegar al club eléctrico, decidió firmar por Emelec debido a que sintió ‘confianza’ en lo conversado con el presidente del club, Nassib Neme.