[3]​ Los equipos que descendieron a la Serie B fueron Liga de Portoviejo y Técnico Universitario luego de quedar penúltimo y último respectivamente en la tabla acumulada entre las dos primeras etapas.

Universidad Católica y Deportivo Azogues habían descendido a la Serie B de Ecuador la temporada anterior.

La tabla acumulada determinó el cuadrangular al que fueron los 4 equipos clasificados en la primera etapa y los 4 de la Segunda.

Los equipos se ubicaron de la siguiente manera; Grupo 1: Primero, cuarto, quinto y octavo.

Los equipos que terminen segundos en cada grupo se enfrentarán entre sí, en partidos de ida y vuelta, por el Tercer lugar y la clasificación al Repechaje de la Copa Libertadores 2010.