El sistema consistió en partidos de ida y vuelta de todos contra todos en una primera etapa, dos hexagonales para la segunda y una liguilla final con seis equipos.

Al final de la Primera etapa el primer equipo clasificó para la Copa Sudamericana junto al ganador del Campeonato 2007, obteniendo 3 puntos de bonificación para la Liguilla Final.

Así mismo, los equipos que quedaron en segundo, tercer y cuarto lugar clasificaron a la parte final del campeonato con 2, 1 y 0 puntos respectivamente.

Los equipos mencionados se clasificaron a la Copa Libertadores 2009, y debido al título logrado por Liga de Quito en la Copa Libertadores 2008, Ecuador recibió un cupo extra y por esa razón tuvo 4 representantes en la edición de 2009.

Los equipos que descendieron a la Serie B fueron la Universidad Católica y Deportivo Azogues luego de quedar penúltimo y último respectivamente en la Tabla Acumulada entre las dos primeras etapas.