Una vez instalado en la segunda etapa de Serie A, el equipo hizo una gran participación en su vida institucional, al ganar todos sus partidos en condición de local ante equipos como Barcelona, Emelec, Deportivo Quito y El Nacional.

En 1980, Bonita Banana quedó octavo en la primera etapa y último en la segunda, con lo que fue penado para disputar una promoción de no descenso ante Liga Deportiva Estudiantil de Guayaquil, que fue último en la primera etapa.

Desde la temporada 2020, donde vino la primera participación en torneos provinciales del Bonita Banana en su nueva etapa, se formó una rivalidad con el otro equipo pasajeño, Cantera Jubones.

[1]​ La rivalidad creció desde el primer torneo provincial, dando como resultado cuatro títulos consecutivos para Bonita Banana S.C.

y al momento, el club rojo nunca ha podido derrotar a Bonita Banana.