La Copa Libertadores 1965 fue la sexta edición del torneo de clubes más importante de América del Sur, organizado por la Confederación Sudamericana de Fútbol, y la primera con la denominación con la que se la conoció hasta 2016.
Participaron equipos de nueve países sudamericanos: Argentina, Bolivia, Brasil, Chile, Ecuador, Paraguay, Perú, Uruguay y Venezuela.
Independiente se consagró bicampeón, de la misma manera en la que lo había hecho en la edición anterior.
Por ello, disputó la Copa Intercontinental 1965 ante Internazionale de Italia, y clasificó a la segunda fase de la Copa Libertadores 1966.
Los 9 equipos clasificados desde las competiciones locales iniciaron el torneo disputando la Fase de grupos, siendo divididos en tres grupos de 3 equipos.