[5] Regresa a la Ciudad de México en 1900 y junto con su hermano mayor, Jesús, funda el periódico jurídico Regeneración, un medio independiente desde donde critican la corrupción del sistema judicial del régimen dictatorial de Porfirio Díaz, lo que provocó su encarcelamiento.
[cita requerida] Exiliado en los Estados Unidos, Flores Magón vuelve a publicar el periódico Regeneración y en 1905 participa en la constitución de la Junta Organizadora del Partido Liberal Mexicano en San Luis, Misuri.
Durante este periodo entabla relación con María Talavera Broussé, quien sería en adelante su compañera sentimental.
[cita requerida] Permaneció en los Estados Unidos desde 1904, aunque pasó la mitad del tiempo en prisión, conducido de una ciudad a otra.
Sin embargo, Ricardo Flores Magón rechazó el ofrecimiento por considerar que la causa encabezada por Madero era una rebelión burguesa carente de propuestas sociales.
En respuesta, con los principales integrantes en la cárcel, la Junta en California publicó el manifiesto del 23 de septiembre de 1911 con rasgos claramente anarcocomunistas, desde el que convocaban a los revolucionarios mexicanos a luchar contra la autoridad, el clero y el capital.
Este manifiesto llega a tener inmerso el discurso de emancipación para quienes son esclavos.
Dejar la solución de nuestros problemas a las clases educadas y ricas es ponernos voluntariamente entre sus garras.
Por otro lado, los nuevos liberales "revolucionarios" mexicanos, manifestaban la lucha por el antirreeleccionismo del gobierno de Porfirio Díaz.
El 28 de septiembre del año de 1905, nace en San Luis, Misuri, la Junta Organizadora del Partido Liberal Mexicano (PLM), donde se publicaron y distribuyeron copias con las bases su misma unificación; firmadas por Ricardo Flores Magón, Librado Rivera, Manuel Sarabia y Rosalío Bustamante.
Los miembros del PLM influenciados por las tendencias sociales y económicas de la era moderna, alcanzaron la madurez política a fines del siglo XIX; apoyaron sus influencias y materializaron sus ideas de corrientes literarias político- filosóficas.
Dentro de los literatos que complementaron sus panoramas se encuentran: Pierre-Joseph Proudhon, Mijaíl Bakunin, Charles Malato, Errico Malatesta y Piotr Kropotkin.
A partir de 1911, un sector del PLM, encabezado por Ricardo Flores Magón, experimentó un proceso de transformación que lo llevó del liberalismo radical, al anarcocomunismo y a apreciar el anarcosindicalismo.
No obstante, a lo largo de ese año, muchos militantes del partido siguieron siendo liberales radicales, firmes demócratas e igualitarios, inclinados hacia un socialismo moderado.
Después de 1912, la minoría que asumió los principios anarcocomunistas se constituyó en el núcleo intelectual del PLM, entre ellos Ricardo Flores Magón.
[18] El impacto que Ricardo Flores Magón y el PLM provocaron en su momento, y aun en épocas posteriores, fue principalmente ideológico; de allí la importancia de abordar lo relativo a sus influencias intelectuales para una mejor comprensión del movimiento.
Irónicamente una vez muerto, el Estado contra el que tanto luchó Flores Magón comenzó a reconocerlo como el gran precursor de la Revolución mexicana.
Al mismo tiempo, el pensamiento y la obra de Flores Magón continuó inspirando movimientos sociales que ha reivindicado el pensamiento "magonista" durante todo el siglo XX[21] y aún a principios del siglo XXI[22] en México.