La rebelión fue planeada y coordinada por la Junta Organizadora del Partido Liberal Mexicano desde Los Ángeles, California, con el fin de crear un espacio territorial liberado y de orden libertario en México, como base para extender una revolución social al resto del país.

El plan enarbolaba el Programa del Partido Liberal Mexicano de 1906 por lo que al mismo tiempo que en Baja California, grupos magonistas libraron batallas, aunque en menor medida, en otros estados como Sonora, Chihuahua, Coahuila, Tlaxcala, Veracruz, Oaxaca, Morelos y Durango.

Sin embargo, las diferencias ideológicas entre ambos grupos provocó que al poco tiempo surgieran confrontaciones entre ellos.

Desde 1903 el coronel Celso Vega había sido nombrado jefe político del distrito norte por Porfirio Díaz.

Otros pobladores se unieron a los rebeldes así como muchos extranjeros socialistas y anarquistas principalmente militantes (wobblies) de la Industrial Workers of the World (IWW).

[8]​ En total, las fuerzas magonistas llegaron a 500 hombres de los cuales aproximadamente 100 eran estadounidenses, entre los que se encontraban los wobblies Frank Little y Joe Hill.

En el mes de marzo los liberales atacaron Tecate en dos ocasiones y en ambas fueron repelidos.

[12]​ Días después, William Stanley también murió en un enfrentamiento con tropas federales cerca de Mexicali.

Las órdenes enviadas por la Junta del PLM desde Los Ángeles eran continuamente interceptadas por las autoridades lo que hacía más difícil la coordinación de la campaña.

La Junta nombró jefe a Carl Ap Rhys Pryce y le ordenó combatir a los federales, pero Pryce a principios de mayo partió con una columna hacia Tijuana que se llamó "segunda división", considerando que sería una plaza estratégica para después atacar Ensenada, y dejó otro grupo para que defendiera Mexicali, la "primera división".

Los últimos días de abril, 126 magonistas dirigidos por John R. Mosby ocuparon Tecate sin combatir.

Así, la hipótesis de una república socialista independiente patrocinada por capitalistas estadounidenses y Ricardo Flores Magón es errónea.