El ganador final fue Nairo Quintana (quien además se hizo con la etapa reina)[1] tras arrebatar el maillot amarillo a su compatriota Sergio Henao (finalmente tercero y vencedor también de una etapa)[2] en la última y decisiva contrarreloj en la localidad guipuzcoana de Beasáin en la que también le arrebató el maillot blanco de la regularidad.[8] Como suele ser habitual se adelantó parte del recorrido al finalizar la edición anterior.[26] Tras un pequeño rodeo por Ciérvana para evitar cruces se volvió prácticamente al mismo lugar para ascender el puerto a través de Musques utilizando las carreteras rurales de Putxeta y Las Calizas y culminándolo con el ascenso hasta La Lejana (2.ª categoría).[13] La vertiente por la que se subió al alto de Olaberria en todos sus ascensos fue inédita en el ciclismo profesional ya que en apenas 1 km hubo varias rampas en torno al 21% de desnivel.[13] Tras conocerse el recorrido Samuel Sánchez, líder del Euskaltel Euskadi, declaró que: “Es la Vuelta al País Vasco más dura de los últimos años” destacando la penúltima etapa y la contrarreloj de Beasáin.Igual la de Vitoria es la más tranquila, pero el resto van a ser todas superimportantes.[46] La prensa especializada alabó el aumento de dureza global respecto a las últimas ediciones[47] y la recuperación del final en La Lejana que no se subía desde el 2005[48] con 6 jornadas muy diferentes entre sí dando oportunidades a distinto tipo de corredores.Después de varios intentos para conformar una escapada, finalmente se estableció un dúo cabecero formado por Amets Txurruka y Laurent Didier.Los dos fugados fueron ampliando su renta: ascendido ya Asensio, a su primer paso por Elgóibar contaban con cuatro minutos de margen.Durante la subida al alto del Calvario, Didier no pudo mantener el ritmo y dejó en solitario a Txurruka, que coronó el puerto con minuto y medio respecto al grupo principal.Sin embargo, en el punto en que se ubicaba la pancarta del puerto se produjo una caída que fracturó el pelotón para la bajada: por delante se estableció un grupo de 17 corredores, incluidos hombres como Richie Porte, Contador, Van Garderen, Gerrans, Weening, Peter Velits, Fuglsang, Henao, Nairo Quintana, Rui Costa, Špilak, Kreuziger o Vicioso.Tanto Velits como el resto de unidades del grupo cruzaron la línea de llegada con el mismo tiempo, pero no así quienes habían quedado rezagados y habían intentado alcanzarles: a 5 s llegaron Samuel Sánchez, Gilbert, Talansky, Klöden, los hermanos Gorka y Ion Izagirre, Hesjedal, Cunego, Poels o Péraud, y algo más de tiempo cedieron otros favoritos como Intxausti (a 21 s), Tony Martin (a 28 s) o De Gendt (a 53 s).El más perjudicado fue no obstante Van den Broeck: implicado en la caída de San Miguel que había protagonizado la jornada y con la rodilla consiguientemente ensangrentada, perdió más de cinco minutos y quedó prácticamente sin opciones para disputar la general.Al igual que hiciera en la jornada inaugural, Amets Txurruka volvió a protagonizar la fuga de la jornada: escapado en solitario prácticamente desde la salida, su propósito inicial era coronar en primera posición los dos primeros puertos del día (aún en territorio guipuzcoano) para sumar puntos y consolidar su liderazgo en la clasificación de la montaña, objetivo que consiguió.Sin embargo, y dado que había acumulando una ventaja respecto al pelotón que llegó a ser de hasta 5 minutos, el escalador vizcaíno continuó con su fuga por la llanada alavesa para posteriormente seguir sumando puntos en los pequeños puertos de Vitoria y San Martín y en las metas volantes, aunque con una renta cada vez menor respecto al grupo principal hasta ser finalmente neutralizado.No obstante, las diferencias eran escasas y para el final de la bajada todos estaban agrupados en un numeroso pelotón.En la primera de las dos etapas con final en alto la escapada del día estuvo compuesta por cinco corredores: Amets Txurruka (protagonista por tercer día consecutivo), Omar Fraile, Mikel Landa, Romain Bardet y Dani Navarro, todos ellos con tiempo perdido en la clasificación general.La segunda etapa consecutiva de montaña estuvo marcada por la lluvia y el frío, en contraste con los días anteriores.La penúltima etapa, última en ruta, contaba con un perfil quebrado por la comarca del Goyerri que incluía hasta diez cotas puntuables.Todo ello propició que ese día dejaran la carrera 75 ciclistas entre no presentados y retirados, incluyendo a ciclistas como Philippe Gilbert, Andreas Klöden, Tejay Van Garderen, Ryder Hesjedal o Andy Schleck.[55] Tras las primeras ascensiones a Olaberría y Gaviria quedó establecida una fuga de cinco corredores: Dani Navarro, José Herrada, Rui Costa, Andrew Talansky y Jakob Fuglsang, estos dos últimos considerados antes del inicio de la ronda vasca candidatos al triunfo final pero que tras las cuatro jornadas anteriores habían perdido ya más de un minuto en la general; Ion Izagirre había quedado ya descolgado al no poder seguir el ritmo de los otros cinco.En la segunda subida a Olaberría Fraile realizó un cambio de ritmo que puso en aprietos al resto de escapados y que finalmente le permitió marcharse en solitario, dejando atrás a los otros cinco ciclistas.En las últimas rampas, coincidiendo con la aparición de un sol que se mantendría hasta metra, intentó irse Samuel Sánchez con Henao a su rueda, aguantando también Porte, Špilak y Nairo Quintana; algo más retrasado rodaba Contador.En el podio final estuvo escoltado por dos ciclistas del Sky, Richie Porte (a 23 s) y el hasta entonces líder Sergio Henao (a 34 s), quien pudo conservar el tercer escalón por un segundo ante Simon Špilak, finalmente cuarto tras protagonizar una buena sesión que sí le sirvió para superar a Alberto Contador.En esta edición se otorgaron puntos para el Ranking UCI WorldTour 2013 solamente a los corredores de equipos ProTeam.
