Intxausti tomó parte por primera vez en una carrera (que se disputaban en sábados y domingos) en Gallarta, con once años (en categoría alevín), animado por sus familiares.

[5]​ En 2001, en su primer año como cadete, rozó el podio en dos ocasiones al ser cuarto en sendas pruebas.

[5]​[7]​ En 2006 fue el corredor con más victorias del equipo, con ocho: Hospitalet, Subida a Gorla, una etapa en la Vuelta al Bidasoa, Beasáin, Campeonato de Euskadi contrarreloj sub-23, Campeonato de Vizcaya contrarreloj sub-23, Mañaria y Llanera.

[8]​ Sin embargo, la temporada dejó un sabor agridulce debido a una caída en la Vuelta al Bidasoa, que le impidió luchar por la general en la prestigiosa ronda amateur guipuzcoana.

[19]​ Tras su gran año como amateur, Intxausti se convirtió en un corredor deseado por varios equipos profesionales.

[25]​ Meses antes había sido también quinto en La Côte Picarde, en la que finalizó a 11" del vencedor Simon Špilak.

[28]​ Su ataque no fue bien recibido por Frank Schleck, quien le increpó en meta, resolviéndose finalmente la discrepancia en el hotel tras ofrecerle Intxausti su visión de lo sucedido.

[6]​ Poco después se produciría su debut en una carrera del máximo nivel, al participar en la París-Niza.

[39]​ Además, las dificultades para encontrar patrocinadores para la siguiente temporada tras ese doble positivo dejaron el futuro de la formación en entredicho.

[45]​ El equipo tuvo asimismo dificultades para acudir a las principales carreras del calendario tras los escándalos de dopaje protagonizados por los positivos de sus principales estrellas en las últimas ediciones del Tour: Mayo en 2007 por EPO,[46]​ Riccò y Piepoli en 2008 por CERA.

En la 10.ª etapa atacó en la Cresta del Gallo, último puerto del día, en una cabalgada que le sirvió para sobrepasar a Alexander Vinokourov y alcanzar al fugado Linus Gerdemann, siendo ambos cabeza de carrera con 30" sobre el pelotón al paso por la pancarta de la cima.

Sin embargo, en el peligroso descenso rozó la caída y sufrió un pinchazo en su rueda trasera por la piedrilla presente en la carretera, viéndose obligado a echar pie a tierra y perdiendo así sus opciones de victoria.

Intxausti, que consideraba que su renta podía haber sido suficiente para ganar en la meta de Murcia, dejó patente su frustración lanzando la rueda pinchada unos metros cuando esperaba al coche de su equipo mientras veía impotente cómo era sobrepasado por el pelotón.

[64]​ Aunque la idea de Intxausti y de Miguel Madariaga (máximo responsable del equipo) era firmar un contrato por dos temporadas, el agente del corredor impuso que el contrato fuera por una única temporada.

Posteriormente fue décimo en el Critérium Internacional disputado en Córcega, donde destacó su ascensión a L'Ospédale tirando de su jefe de filas Samuel Sánchez,[67]​[68]​ así como su quinto puesto en la crono final, mejor que Samu (quien no obstante concluyó cuarto en la general).

[69]​ En la Vuelta al País Vasco, la carrera de casa del equipo, fue segundo en la general final, sólo superado por Chris Horner.

[70]​ Tras ceder pocos segundos en las dos etapas de montaña (de las cuatro siguientes) con finales en Arrate y en Orio (tras subir Aia),[71]​[72]​ en la contrarreloj final de Orio pudo rematar su actuación superando a Joaquim Rodríguez y Jean-Christophe Péraud (tercero y cuarto respectivamente) para auparse al tercer puesto en la general, subiendo al tercer escalón del podio.

[76]​ Intxausti concluyó esa primera parte de la temporada con su participación en la Vuelta a Asturias, donde ganó la contrarreloj disputada como sector vespertino en la tercera jornada en Piedras Blancas,[77]​ triunfo que le sirvió para colocarse como líder provisional de la general.

Su fichaje por la estructura dirigida por Eusebio Unzué (continuadora de Banesto, iBanesto.com, Illes Ballears y Caisse d'Epargne, y por donde habían pasado corredores como Miguel Induráin, Pedro Delgado o Abraham Olano), que estrenaba dicha denominación, coincidió con un momento en el que dicha formación se encontraba sin un líder claro al estar sancionado su jefe de filas de los últimos años Alejandro Valverde (suspendido dos años por la Operación Puerto) y no haber fructificado las negociaciones para la incorporación de Alberto Contador (quien finalmente pasó al Saxo Bank dirigido por Bjarne Riis).

Intxausti coincidiría así con ciclistas como Xavier Tondo, Marzio Bruseghin y David Arroyo.

[97]​ Intxausti concluyó cuarto la ronda vasca: tras ceder 9" en el repecho inaugural de La Antigua y llegar con los favoritos en Arrate,[98]​[99]​ lo intentó sin fortuna desde lejos en Urkiola camino a Zalla,[100]​ donde en la crono final se decidiría la clasificación general.

[101]​ El mejor clasificado del ganador por equipos Movistar tuvo que conformarse con la cuarta posición, a 16" del podio, después de que Chris Horner y Robert Gesink quedaran empatados a tiempos como segundo y tercero respectivamente, con Andreas Klöden como ganador.

[102]​ Un día después disputó su carrera de casa, la Klasika Primavera,[103]​ dejándose ver junto a su excompañero Igor Antón en los finalmente infructuosos movimientos vividos en Montecalvo para terminar cerrando el grupo de quince corredores que se jugó la victoria al sprint.

[104]​ Posteriormente participó en las clásicas de las Ardenas, completando una actuación discreta, con el vigésimo puesto en la Flecha Valona como mejor resultado.

[110]​ Intxausti lamentó no haber podido evitar el "terrible" suceso, que supuso un precipitado final a su estancia en la sierra granadina.

[120]​ Seis días después, tras la accidentada séptima etapa en la que sufrieron caídas hombres como Bradley Wiggins, Chris Horner o Levi Leipheimer, le fueron realizadas nuevas pruebas;[121]​ aunque la RMN reveló que sufría una fractura en la cabeza del radio, decidió continuar en carrera.

Al final pudo conseguir un triunfo en la etapa 16 de este Giro, dedicándosela a Xavi Tondo En septiembre de 2015 se dio a conocer que Beñat formaría parte del equipo Team Sky durante los 2 próximos años,[151]​ siendo el tercer español en el conjunto inglés, al coincidir con Mikel Landa y David López.

Tras una temporada sin resultados y con muchos abandonos, el corredor comunicó en enero de 2020 que se retiraba.