Ese mismo año logró imponerse en la Vuelta al Lago Qinghai y una etapa.

En la primavera de ese año consiguió algunas victorias menores y el Giro del Trentino, donde se impuso en dos etapas.

Para prepararlo decidió correr la Vuelta a España, donde no se le vio demasiado, quedando en 16.º lugar.

Basso y Cunego aceleraron en la última ascensión a Torricele junto a Óscar Freire, Alejandro Valverde, Michael Boogerd y Stuart O'Grady pero fueron atrapados por un gran grupo donde se impuso Óscar Freire.

En el Giro de Italia acabó en 4.º lugar muy lejos del vencedor Ivan Basso.

Debido a ello, empezó la temporada más tranquila de lo habitual, diputando París-Niza sin luchar por la victoria final.

Y así llegó a su primer gran objetivo del año, las clásicas de las Ardenas.

En la primera de ella, la Amstel Gold Race, consiguió la victoria al imponerse a Fränk Schleck en los metros finales del Cauberg.

Tres días después consiguió ser 3.º en la Flecha Valona por detrás de Kim Kirchen y Cadel Evans.

Acabó segundo en la clasificación UCI ProTour por detrás de Alejandro Valverde, llegando a liderarla en algunas pruebas.

Se impuso en la Settimana Coppi e Bartali y dos etapas manteniendo un gran duelo con Cadel Evans.

Después corrió la Klasika Primavera donde atacó en la ascensión final pero fue atrapado por el grupo de favoritos, donde solo pudo ser 6.º.

Y llegó el Giro del Centenario, donde había una grandísima participación con Lance Armstrong, Ivan Basso, Denís Menchov, Danilo di Luca, Carlos Sastre, Stefano Garzelli, Gilberto Simoni, Marzio Bruseghin o Franco Pellizotti entre o otros.

Pronto se vio que Cunego no andaba y buscó algún parcial sin demasiada suerte.

2010 es hasta la fecha, el peor año de su carrera, sin victorias ni grandes actuaciones.

A continuación se clasificó 3.º también en la Montepaschi Eroica por detrás de Philippe Gilbert y Alessandro Ballan.

Semanas más tarde consiguió una victoria parcial en el Tour de Romandía al imponerse en un duro repecho a un grupo liderado por Cadel Evans y Aleksandr Vinokúrov.

Así se llegó a la crono final a la que Cunego se presentaba con 1 minuto y 59 segundos sobre Leipheimer, su gran rival, que le acabaría sobrepasando en la General Final por solo 4 segundos.