[3]​ Corrió 17 veces el Tour de Francia, con lo cual es el segundo con más presencias en la ronda gala junto a George Hincapie y Stuart O'Grady, solo por detrás de Sylvain Chavanel.

Entre su palmarés destacado también se encuentran sus cinco victorias en el Critérium Internacional y dos triunfos en la Vuelta a Alemania.

Jens Voigt nació en la misma zona que el ganador del Tour de Francia 1997, Jan Ullrich.

En la 15.ª etapa, Voigt se encontraba escapado cuando Ullrich atacó en el Col de l'Echarasson, dejando atrás al líder Lance Armstrong y a Basso.

Voigt criticó al canal alemán de televisión ARD por iniciar una caza de brujas en su contra y alegó que a él le pagaba el Team CSC, no Alemania.

Durante la primera montaña, Voigt ayudó a tomar la iniciativa de Basso, mientras que él terminó 37.º.

Voigt finalmente obtuvo su primera victoria de la temporada en Ster Elektrotoer en junio.

Voigt toma el papel de atacante, para disminuir la carga del equipo, y estuvo en escapadas en varias etapas.

En el escenario 13 de Béziers a Montélimar, la etapa más larga del Tour 2006 a 231 kilómetros, Voigt se puso en un grupo de cinco hombres, escapada que terminó 29 minutos y 58 segundos por delante del pelotón principal.