Se retiró en la Clásica San Sebastián de 2017, temporada que completó en el equipo estadounidense Trek-Segafredo.

Tras hacerse con el liderato en la contrarreloj disputada en Mendaro en el sector vespertino de la cuarta jornada, mantuvo su condición de líder en la última etapa (la tradicional etapa reina con ascensión final a Arrate) al llegar a meta junto su principal rival, el alavés y excompañero Igor González de Galdeano (Vitalicio Seguros) que terminó segundo, a ocho segundos del guipuzcoano; el vizcaíno David Etxebarria (ONCE) completó un podio compuesto íntegramente por corredores vascos.

Completó así una participación destacada de la formación en la Vuelta, protagonizada por un Roberto Laiseka que ganó una etapa y fue finalmente sexto.

Con Lance Armstrong y su escudero Floyd Landis copando las dos primeras posiciones, el tercer cajón del podio fue para Christophe Moreau por 20" sobre Zubeldia.

En 2003 empezó la temporada siendo tercero en la Vuelta a Murcia, donde después de ser segundo en la Cresta del Gallo tras el a la postre ganador Javier Pascual Llorente (Kelme), cedió una posición en el alto de La Santa ante Jan Hruška (ONCE) que no pudo recuperar en la contrarreloj final, en la que de hecho el checo amplió ligeramente su renta confirmándose como segundo clasificado.

En la Euskal Bizikleta fue quinto, en una edición en la que el equipo logró tres de los cinco primeros puestos, incluidos los podios de Roberto Laiseka (segundo y ganador en Arrate) y Samuel Sánchez (tercero), aunque la general fue para Roberto Heras.

La temporada empezó con resultados discretos en varias carreras, incluida la Vuelta al País Vasco.

Su principal objetivo de la temporada era no obstante el Tour, al igual que en años anteriores.

Aunque logró terminar la carrera, al contrario que el año anterior, lo hizo 15.º y lejos de los principales favoritos.

En 2006 participó en los primeros meses en carreras como la París-Niza, la Vuelta al País Vasco y el Tour de Romandía, aunque sin resultados destacables.

Sin embargo su participación en el Tour de Francia resultó en una decepción tras finalizar 45.º, eclipsado por su compañero Samuel Sánchez (sexto en la general final).

Zubeldia aceptó la oferta realizada por Johan Bruyneel (director del extinto US Postal/Discovery Channel liderado por Lance Armstrong), uniéndose al belga en el Astana.

Para 2010 Bruyneel y Armstrong crearon un nuevo equipo, RadioShack, al margen del Astana en el que continuaría Contador.

Sin embargo, en la Dauphiné Libéré sufrió una caída que le impidió correr el Tour.

[5]​[6]​ 2000 2010 Durante su carrera deportiva consiguió los siguientes puestos en las Grandes Vueltas y en los Campeonatos del Mundo en carretera: —: no participa Ab.