Sin embargo, las sospechas de dopaje provocaron su expulsión tras la decimosexta etapa[1]​[2]​ (ver sección Dopaje), de modo que la victoria final fue para el español Alberto Contador, que conseguía así su primer triunfo en una gran vuelta por etapas.

Descanso en Pau para afrontar la última etapa de los Pirineos entre Orthez y la estación invernal de Gourette que es el Aubisque sin sus últimos 4 km Se ascendió a Larrau (14,2 km al 8%) así mismo se disputaron 50 kilómetros en el territorio español hasta la cima del Pierre Saint Martin (14 km al 5,2%).

Entre los presuntos implicados se encuentran el ciclista alemán Patrik Sinkewitz, el ciclista profesional de Kazajistán Alexander Vinokourov, los italianos Cristian Moreni y Alessandro Petacchiy el corredor español Iban Mayo.

Las etapas ganadas por Alexandre Vinokourov le fueron retiradas tras dar positivo por transfusión sanguínea en el control realizado tras su victoria en la contra-reloj de Albi, y fueron dadas por ganadas a los 2º clasificados, Cadel Evans y Kim Kirchen, respectivamente.

Sin embargo, compitió en el Tour hasta la etapa 8, donde tropezó con un espectador y tuvo que abandonar el evento.

[4]​ Tras calificarse primero en la contrarreloj individual del 21 de julio, el ciclista fue invitado a abandonar el Tour tras la etapa 15 debido a haber dado positivo en una transfusión ilegal de sangre, habiendo dado positivo tanto en la etapa 13 (la contrarreloj individual) como en la 15.

Ya el año anterior el Liberty Seguros, como se llamaba el equipo antes, no pudo tomar la salida por estar implicado en la 'Operación Puerto'.

[5]​ El ciclista italiano Cristian Moreni dio positivo por elevada cantidad de testosterona tras la etapa 11, donde terminó en la posición 102.

La muestra B fue enviada al laboratorio de Gante por el cierre del anterior, y en este último la muestra B dio negativo, el mismo resultado que el arrojado por el de Sídney, que también realizó el análisis aunque finalmente la muestra volvió al laboratorio francés en la que volvió a dar positivo.

Por todo ello la Federación española de ciclismo (RFEC) declaró jurídicamente negativo este resultado y optó por archivar el caso, aunque tras varios recursos finalmente fue sancionado.