En la Vuelta a España fue tercero en 2002 y llevó el maillot de líder durante tres días en 2001.

Es uno de los cinco ciclistas españoles, junto con Luis Ocaña (1973), Pedro Delgado (1989), Miguel Induráin (1991) y Carlos Sastre (2008), que han conseguido finalizar en el podio de Vuelta y Tour en el mismo año (2002).

Las lesiones provocarían que Beloki fuese baja para el resto de la temporada.

[6]​ Beloki alegó que los responsables de Brioches La Boulangère no le daban permiso para utilizar los corticoides (sustancias sometidas a restricción por la legislación antidopaje) que, según él, necesitaba para curar su asma [3].

[7]​ Correría la Vuelta a España, en la que dejaría buenas sensaciones durante la primera semana.

En la Vuelta a España, se cae en el prólogo, reviviendo así viejos fantasmas, pero por fortuna la caída esta vez no tiene consecuencias graves y puede continuar.

En las siguientes etapas vemos a un Joseba bastante recuperado, trabajando como gregario para Roberto Heras y mostrando su mejor forma en los últimos años.

Al ser absuelto judicialmente, Beloki podía competir en adelante con normalidad, puesto que no estaba imputado en ningún delito penal y el juez Serrano se negó (salvo excepciones) a que las pruebas acumuladas por la Guardia Civil (bolsas sanguíneas, documentos, grabaciones de vídeo y audio...) fueran facilitadas a organismos deportivos internacionales (UCI, AMA) para estudiar las pruebas e imponer en caso de estimarlo oportuno las sanciones deportivas pertinentes.

[14]​ 1997 1999 2000 2001 2002 2003 Durante su carrera deportiva consiguió los siguientes puestos en las Grandes Vueltas y en los Campeonatos del Mundo en carretera:[15]​ ―: No participa Ab.