Fue equipo UCI ProTeam (máxima categoría del ciclismo profesional) desde la creación de dicha división en 2005.

Los directores auxiliares fueron Gorka Gerrikagoitia, Josu Larrazabal[1]​[8]​ Jon Odriozola e Iñaki Isasi entre otros.

[9]​ En el Tour de ese año, Pradera y Madariaga sondearon a varios ciclistas profesionales (Pello Ruiz Cabestany entre otros) para que integraran, junto a jóvenes procedentes de aficionados, la primera plantilla del equipo para 1994; asimismo, se llegó a un acuerdo con Txomin Perurena para que fuera el director deportivo del equipo.

En 2002 el equipo fue nuevamente invitado al Tour de Francia, aunque terminó su participación sin victorias.

[22]​ Además, al final de la temporada, en la Vuelta a España, Unai Etxebarría consiguió una victoria de etapa (haciendo doblete con David Etxebarría segundo)[23]​ y Egoi Martínez ganó el Tour del Porvenir.

[32]​ Pese a los grandes resultados en las pruebas previas, el equipo hizo un mal Tour con un discreto decimoquinto puesto de Zubeldia en la general como lo más destacado.

[33]​ Sin embargo, la escuadra tuvo una destacada actuación en la Vuelta a España, en la que ganaron dos etapas: Laiseka ganó en Cerler su tercera victoria en la Vuelta a España,[34]​[14]​[35]​ y Samuel Sánchez logró la victoria en el Santuario de la Bien Aparecida,[36]​[37]​ siendo además décimo en la general.

[38]​ Por otra parte, 2005 fue también la temporada en la que se registraron más casos de dopaje en el equipo desde la creación del mismo.

En primer lugar Landaluze dio positivo por testosterona tras ganar la Dauphiné Libéré (positivo que no se comunicó hasta el final del Tour, por lo que pudo correr la ronda francesa de ese año), siendo absuelto por el TAS a mediados de 2006 por un defecto de forma,[39]​ a tiempo para correr el Tour 2006.

Galdeano fue contratado por Miguel Madariaga como máximo responsable deportivo del conjunto, iniciando un nuevo ciclo en la formación.

[52]​ Esas buenas actuaciones en la Vuelta y en Zúrich le alzaron hacia el segundo puesto en la clasificación final del UCI ProTour de ese año.

Además, Iban Mayo no renovó su contrato y se marchó al Saunier Duval;[56]​ sus malos resultados en los últimos años en el Tour de Francia y el grave deterioro de las relaciones entre la dirección del equipo y el corredor (Madariaga aseguró sentirse engañado) fueron los motivos que pusieron punto final a dicha asociación.

[63]​ El equipo no obtuvo ningún resultado o prestación destacable en el Giro de Italia aunque durante las mismas fechas de la ronda italiana Samuel Sánchez logró una victoria en la Vuelta a Cataluña.

[71]​ En la Vuelta a Suiza, Igor Antón ganó una etapa,[72]​ vistió el maillot amarillo de líder durante cuatro días y logró subir al podio final, quedando tercero en la general.

Además, Zubeldia no renovó su contrato y fichó para 2009 por el equipo Astana.

Gorka Gerrikagoitia, Josu Larrazabal y Alex Díaz, por su parte, ejercerían como directores auxiliares del primero.

[97]​ El equipo tuvo una buena actuación en junio en la Dauphiné Libéré, una carrera habitualmente preparatoria de cara a la Grande Boucle, con Mikel Astarloza quinto en la general final,[98]​ tras una buena actuación que incluyó un ataque a los favoritos en el Izoard.

[103]​ Finalmente Astarloza, quien llegó a ser noveno, fue decimoprimero en la clasificación general, [104]​ tras ceder dos puestos en las tres últimas etapas, no logrando así el objetivo secundario de meterse entre los diez primeros.

[111]​ En caso de que se confirmara el positivo le serían retirados los logros alcanzados tras dicho control, por lo que la victoria de la decimosexta etapa del Tour pasaría así al segundo clasificado en dicha jornada: Sandy Casar (Française des Jeux).

[119]​ Esos buenos resultados en la parte final de la temporada le auparon hasta el tercer puesto en la clasificación individual final del UCI World Ranking estrenado ese año, por detrás de Contador y Valverde.

El equipo consiguió en general, una temporada muy regular, comenzando en la Vuelta al País Vasco, consiguiendo la etapa reina de Arrate con Samuel Sánchez, y la tercera posición de Beñat Intxausti (que se mostró intratable en la última crono).

En él contarían con la mayor parte de corredores del equipo actual, sin embargo ficharían a una decena de corredores extranjeros (o no vascos) para ampliar el calendario y sobre todo que pudiesen aportar "puntos de mérito" para mejorar la calificación global del equipo ya que desde 2010 la categoría del equipo la determinaba una clasificación deportiva creada por la UCI basada en los resultados obtenidos por los 12 mejores ciclistas contratados para la temporada siguiente en los dos años precedentes, en el que solo los 15 primeros equipos de ese ranking tienen garantizada su puesto en la máxima categoría.

[121]​[122]​ En este nuevo proyecto solo la empresa Euskaltel aportaría casi 40 millones de euros durante las próximas 4 temporadas lo que se aseguraría el futuro equipo.

[129]​[130]​ La Fundación Euskadi tiene un equipo filial de categoría Continental, hasta el 2012 llamado Orbea.

A cambio, la Fundación Euskadi tenía un derecho preferente sobre los ciclistas de dichas escuadras amateur vascas y navarras.

A nosotros nos queda mucho por hacer, cosas que cambiar, corregir, pero ellos, simplemente, no han hecho nada, nunca.».

[144]​ Esa afluencia masiva a los puertos pirenaicos para apoyar al equipo en la ronda gala se conoce como la marea naranja, debido al color del patrocinador Euskaltel, que es también el color destacado del maillot del equipo, y por tanto, de las camisetas, gorros y demás vestuario que suelen exhibir los aficionados en las cunetas al paso de la carrera.

[152]​ La Diputación vizcaína es, de las tres, la que más años lleva patrocinando a la formación ciclista: desde su creación.

[2]​ Asimismo, el equipo cuenta con un grupo de pequeños patrocinadores que se mantienen fieles desde su primera temporada en 1994: Orbea (bicicletas), Astore (ropa deportiva) e Insalus (agua).

[157]​ La sede social de la Fundación Euskadi se sitúa en Bilbao (calle Iparraguirre, 46 - 1.º),[1]​ junto a La Alhóndiga.