La carrera comenzó en Estrasburgo y terminó en París, en el clásico final de los Campos Elíseos, pasando por un total de seis países diferentes: Francia, Países Bajos, Bélgica, Luxemburgo, Alemania y España.

En las semanas previas al inicio del Tour de Francia 2006, se produjo en España una operación contra el dopaje denominada Operación Puerto, en la cual se vieron involucradas varias decenas de ciclistas.

Asimismo, algunos de los ciclistas favoritos para el triunfo final, como Jan Ullrich, Ivan Basso o Alexandre Vinokourov, no pudieron asistir a la prueba,[1]​ al ser apartados de sus respectivos equipos.

Como habitualmente sucedió en ediciones pasadas, la primera semana de competición sirvió casi exclusivamente para el lucimiento de los sprinters: el australiano Robbie McEwen logró tres triunfos, y el español Óscar Freire, dos.

El luxemburgués Frank Schleck se impuso en la misma, y el estadounidense Landis recuperó el maillot amarillo por tan solo diez segundos, si bien entre el resto de favoritos no hubo mayores diferencias.

Así pues, el Tour se decidiría en la 19.ª etapa, una contrarreloj muy larga de 57 kilómetros y terreno dificultoso.

Óscar Pereiro fue capaz finalmente de terminar 2.º, y el alemán Andreas Klöden, 3.º, tras arrebatarle a Carlos Sastre dicha posición.

Al día siguiente, el equipo ciclista Phonak informó[3]​ que el estadounidense Floyd Landis había dado positivo por testosterona en el control antidopaje de la decimoséptima etapa.