Su fuente está formada por diferentes manantiales y neveros o ventisqueros, acumulaciones de nieve que se mantienen hasta bien entrada la primavera.En este punto vuelve a encajonarse entre formaciones rocosas de grandes proporciones, labrando sobre la piedra numerosas pozas y hoyas, que salva mediante cascadas y charcas.[3] Todo este tramo transcurre por el fondo de la garganta del Manzanares.En la citada localidad, se conservan antiguos puentes, batanes y molinos, construidos para el aprovechamiento hidráulico del río, así como diferentes instalaciones del canal de Santillana, iniciado en 1898.Surca la ciudad canalizado, sorteando diferentes presas que regulan sus aguas para garantizar un flujo constante y permitir ciertos usos recreativos, caso del embarcadero del puente de Segovia.A lo largo del término de Madrid, el río cruza algunos puentes monumentales.El puente de los Franceses, construido en la segunda mitad del siglo XIX, cobró una importancia crucial durante la Guerra Civil.[5] El río deja Madrid por su extremo sur (donde bordea un parque ribereño, conocido como el Parque Lineal del Manzanares), tras un recorrido de 30 km por su término municipal, esto es, la tercera parte de su longitud total.En este término, discurre junto a los cantiles y cortados de La Marañosa, prácticamente en paralelo con el río Jarama, en el que finalmente desemboca, cerca de la presa del Rey.[6] En su curso alto, el Manzanares recibe a numerosos arroyos y riachuelos.Mucho antes, en la Prehistoria, el río había acogido una intensa actividad humana, no solo en el actual término de Madrid, sino también en otros puntos de su curso.Existen yacimientos arqueológicos que evidencian la presencia de pobladores en sus terrazas desde la época paleolítica.[9] Es el caso de la siguiente cita, extraída del Fuero: En el siglo XVII se previó la canalización de los ríos Tajo y Manzanares para hacerlos navegables.Se nombró una Junta para su estudio y, al poco tiempo, la Junta, revisando las enormes dificultades técnicas e ingentes recursos financieros necesarios, dio la contestación rechazando la obra con el siguiente argumento: En el siglo XVIII se emprendió una ambiciosa obra de ingeniería que nunca fue acabada, que tenía como objetivo comunicar las aguas del cercano río Guadarrama con las del Manzanares y el Tajo, hasta llegar al Guadalquivir y el océano Atlántico, mediante un canal navegable de casi 800 kilómetros, con origen en la presa de El Gasco, en Torrelodones.[18][19] El Manzanares ha sido tradicionalmente considerado un río de escaso caudal.En este sentido un diplomático alemán declararía, irónicamente, que el Manzanares era «navegable en coche y a caballo».[24] En 2014, una invasión de cerdos vietnamitas en las riberas del río fue atajada por la Policía Municipal.[25] En 2016 el Ayuntamiento decidió abrir las compuertas para proceder a lo que denominó «renaturalización» del río,[1] que favoreció la formación de isletas y el crecimiento de vegetación baja y árboles en el cauce, al eliminar las piscinas de agua embalsada.[26][27] Este proceso mejoró la calidad del agua y recuperó la diversidad biológica,[28] que había desaparecido con el sistema de esclusas.El proceso además permite que el río actúe como corredor ecológico, conectando las poblaciones de especies al norte y al sur de la región.
