Los diversos territorios de «las Indias Islas y Tierra Firme» se iban incorporando al control real según avanzaba la conquista, creándose por tanto distintas entidades políticas para su gobierno.
Estos «reinos» fueron definidos, legal y oficialmente, ya en los estertores del dominio español.
Tras la Invasión Napoleónica a España y la instauración de José Bonaparte como gobernante, este se hizo llamar "Rey de España e Indias", llegando a incluir las Indias en su blasón.
Los reinos de Indias se hallaban en una situación intermedia entre una absoluta igualdad con Castilla y una total subordinación: Los Reyes Católicos consideraron las Indias como un patrimonio personal suyo, sin embargo a su muerte se incorporaran a la monarquía.
Al final del periodo colonial, siglos más tarde, a partir de la segunda mitad del siglo XVIII, bajo las nuevas dinastías y élites afrancesadas de gobierno, los territorios indianos perderán sus organismos administrativos propios que los caracterizaban, y con las reformas borbónicas, según el vocabulario europeo adoptado por Carlos III, empezará a darse uso a ‘Colonias’.
Los Reinos de Indias se dividían en subdivisiones políticas (gobernaciones), militares (capitanías generales), fiscales (intendencias), eclesiásticas (arquidiócesis) y judiciales (audiencias reales).
Se formó en 1503 como una sección dentro del Consejo de Castilla para pasar a conformarse como entidad propia en 1524.
Los miembros del Consejo de Indias eran designados por el rey, en general eran personas ilustradas y competentes con facultades legislativas sobre América, nombraban a los Virreyes, gobernadores, oidores, jueces, entre otros.
La Capitanía General es el nombre que se daba en España a ciertos distritos militares territoriales bajo la responsabilidad de un capitán general, básicamente un militar con poder y autoridad civil plenipotenciaria.
Ciertas capitanías generales, como Venezuela, Guatemala y Chile, fueron separaradas de su virreinatos para permitir una administración más eficiente.
Archidiócesis es una circunscripción eclesiástica de la Iglesia Católica que recibe este nombre por ser una diócesis importante, por su tamaño o por razones históricas.
La máxima autoridad en una arquidiócesis se llama arzobispo, mientras que las diócesis están bajo la responsabilidad de obispos.
Una archidiócesis es una 'provincia eclesiástica' que comprende todas las diócesis de una región; está comandada por un arzobispo.
El poder de los intendentes varió según el territorio, no obstante, estaban bajo la jurisdicción del virrey.
Las Reales Audiencias fueron de facto los órganos administrativos que gobernaron los dominios del rey en las Indias.
En ocasiones, las gobernaciones también son llamadas provincias, no obstante, el término provincia tenía distintas acepciones y podía variar desde la gobernación propiamente dicha a las comarcas que hacían parte de ella.
El corregidor también era llamado teniente de gobernador, teniendo funciones análogas a éste, pero mucho más reducidas.
Los misioneros creían que si los indios eran reducidos a la vida sedentaria en un único lugar, resultaría más sencilla su evangelización y control, por lo que estos pueblos serían trazados con un esquema similar a las ciudades y villas, con la diferencia que la plaza no estaba del templo, haciendo de este el centro de poder del pueblo.
Si bien pueblo de indios es un concepto redundante dentro de la administración indiana, pues todos los pueblos estaban poblados por indios, el lenguaje coloquial extendió el concepto a todas las poblaciones pequeñas.