También se le concedió un diezmo de todas las mercaderías que hallase, ganase y hubiese en los lugares conquistados.

Con esos beneficios, Colón logró un rápido ascenso social, al pasar a formar parte de la nobleza cortesana.

La sumisión de más gente al cristianismo se planteaba como una especie de excusa interna heredada, ya que la guerra entre cristianos y musulmanes era el ámbito donde se formaron estos hombres.

Los documentos seguían mencionando un móvil religioso pero cada vez más como mero pretexto.

[4]​ Sin embargo, en las capitulaciones con Cristóbal Colón le concederán un señorío hereditario sobre las tierras conquistadas y no se hará ninguna mención de objetivo religioso.

[5]​ Hacia 1480 Cristóbal Colón vivía en Portugal, en las islas Madeira, y por matrimonio había entrado a formar parte de la nobleza portuguesa.

El texto de las Capitulaciones se registró en los folios 135v-136v del volumen 9 (registro 3569) de la serie Diversorum sigilli secreti, en la que se transcribían documentos expedidos con el sello secreto del rey.

Se conserva también un ejemplar impreso con el texto del privilegio de confirmación otorgado en Burgos en 1497, que probablemente fuese editado a título privado por la familia Colón durante los Pleitos Colombinos.

Hernando Colón publicó el texto íntegro en su Historia del Almirante, impresa en Venecia en 1571.

[45]​ Con posterioridad, en 1502, Colón ordenó hacer cuatro copias manuscritas del Libro, de las cuales dos se las envió al embajador genovés Nicolò Oderigo.

Los oficiales de la Corona habrían introducido interpolaciones que modificaron la redacción original.

Ello explicaría tanto el «ha descubierto» como otras dos anomalías del texto: el llamar «Don» a Colón, tratamiento que no tuvo hasta marzo de 1493;[3]​ y el afirmar que los reyes son «señores (...) de las mares océanas», un título que no utilizaron hasta mayo de 1493.

La forma modificada «ha de descubrir» es la que adoptó también Martín Fernández de Navarrete en el siglo XIX,[53]​ y como su transcripción fue ampliamente copiada y traducida a otras lenguas, el error se propagó.

[26]​ Sin embargo, en el salvoconducto en latín entregado por la Corona a Colón junto con las Capitulaciones de Santa Fe y dirigido a cualquier autoridad extranjera con la que se encontrase, se lee que Colón ha sido enviado “per maria oçeana ad partes Indie” ("por las mares océanas a las partes de la India") para, entre otros fines, "fidei ortodoxe aumentum" ("el aumento de la fe ortodoxa").

[2]​ Por otra parte, la inusual fórmula "plaze a sus altezas" podría ser una influencia de la práctica de las cortes catalanas, cuyas propuestas eran aprobadas por el monarca escribiendo "plau al senyor rei" (es decir, "place al señor rey").

[57]​ Es también anormal que el documento no marque ninguna contrapartida ni limitación a las prerrogativas de Colón.

La Corona parece haberse limitado a aceptar pasivamente el texto propuesto por Colón.

Según Rumeu de Armas esto pudo deberse a que el redactor original del documento fue Colón y a sus ojos el título de almirante era más prestigioso.

Embajadores portugueses salieron inmediatamente hacia la corte de los Reyes Católicos, situada en esas fechas en Barcelona, para reclamar las tierras descubiertas por los navegantes castellanos, en un ambiente de tensión diplomática y pre-bélica.

Al mismo tiempo le apremiaron a completar la preparación de una segunda expedición a las Indias, mucho mayor en barcos y hombres, bajo la supervisión del obispo Juan Rodríguez de Fonseca.

Su objetivo oficial era explorar, colonizar y predicar la fe católica por los territorios que habían sido descubiertos en el primer viaje, mientras en la península continuaban las negociaciones diplomáticas entre Castilla y Portugal, que culminaron en la firma del Tratado de Tordesillas en 1494.

[64]​ Al oír estas noticias, Colón retornó alarmado a Europa en junio de 1496 e inmediatamente reclamó sus derechos.

Este último privilegio suponía, sin embargo, ir más allá de lo acordado en Santa Fe en 1492.

Algunos de los españoles que habían retornado denunciaron a Colón ante la corte por mal gobierno.

[64]​ Cada candidato a descubridor se encargaba de financiar y armar su expedición tras negociar unas capitulaciones específicas con la Corona, representada por el obispo Fonseca.

Las capitulaciones para estos viajes, contrariamente a las de Santa Fe, se limitaron a otorgar beneficios económicos y, como mucho, cargos de gobernador pero no señoríos hereditarios.

[64]​ En este viaje Colón perdió todos sus barcos y no consiguió su objetivo de hallar un paso hacia Asia.

Desde el nombramiento de Ovando como gobernador de la Española en 1500, primero Cristóbal Colón y luego su primogénito Diego presentaron varios memoriales y peticiones a la Corona reclamando los derechos que estimaban pisoteados.

En 1535, sin embargo, el nuevo fiscal encargado del caso dio un giro a su estrategia y concedió que las capitulaciones de Santa Fe sí que habían sido un contrato (no así los otros privilegios).

[68]​ Persistieron aún disputas judiciales entre diferentes ramas de la familia Colón que solo se resolverían a finales del siglo XVIII.