Primeramente que Vuestras Altezas como Señores que son de las dichas Mares Oceanas fazen dende agora al dicho don Christoval Colon su almirante en todas aquellas islas y tierras firmes que por su mano o industria se descubriran o ganaran en las dichas Mares Oceanas para durante su vida, y después del muerto, a sus herederos e successores de uno en otro perpetualmente con todas aquellas preheminencias e prerrogativas pertenecientes al tal officio, e segund que don Alfonso Enríquez, quondam, Almirante Mayor de Castilla, e los otros sus predecessores en el dicho officio, lo tenían en sus districtos.

Al llegar a España recuperó su libertad, pero había perdido su prestigio, sus poderes y el virreinato.

Bobadilla fue también relevado del gobierno y reemplazado por Nicolás de Ovando en 1502.

Diego inició una serie de demandas judiciales contra la Corona, conocidas como los Pleitos colombinos, y en 1511 se le reconocieron sus derechos como virrey, pero con jurisdicción limitada para aquellos territorios que hubieran sido descubiertos oficialmente por su padre.

Murió en 1526 heredando su hijo Luis Colón y Álvarez de Toledo sus derechos al virreinato.