Tras separarse de Vespucio, quien se dirigió hacia el Brasil, Ojeda recorrió la costa de América del Sur desde la boca del río Esequibo hasta la península Guajira, a la que llamó isla de Coquibacoa sin saber que en realidad es una península.

Simultáneamente se concedió una gobernación a Vicente Yáñez Pinzón en la costa norte del Brasil, ambas gobernaciones estaban orientadas a la búsqueda del paso hacia la Especiería.

Hizo el mismo recorrido que en su primer viaje, pero sin recalar en el golfo de Paria y llegó a la isla de Margarita, en donde intentó obtener oro y perlas de los indígenas por varios métodos.

Vergara y Campos hicieron apresar a Ojeda para hacerse con el poco botín recaudado y abandonaron el poblado junto con los colonos, encarcelándolo en La Española en mayo de 1502.

En septiembre de 1504 Ojeda volvió a capitular con los Reyes Católicos para realizar un nuevo viaje para ir a tierra firme de Coquibacoa.