[2] Algún tiempo más tarde, ya fallecida Felipa, Diego sí viajó a Castilla junto a su padre, en concreto a la localidad andaluza de San Juan del Puerto, donde el niño fue acogido en casa de su tía Briolanja Moniz y del marido de esta, Miguel Muliart.
Durante algunos años, Diego Colón sirvió de paje a los Reyes Católicos.
Sin embargo, el rey Fernando el Católico se negó en un primer momento a traspasar todos los derechos del almirante, aunque le nombró gobernador de la isla La Española en 1508.
Tanto su padre como su tío eran primos del rey Fernando por parte de madre.
Isabel de Gamboa pleiteó durante mucho tiempo contra este matrimonio, pidiendo su anulación.
Como consecuencia de la actitud de Diego Colón, se crearon dos partidos entre los colonizadores españoles en América: por un lado, los hidalgos, veteranos españoles del descubrimiento y sus principales aliados, y por otro, los llamados realistas, formado por funcionarios reales y defensores españoles de una sociedad igualitaria[9] aunque se discriminara a indígenas, solamente igualitaria para todos los colonizadores (fuesen hidalgos o no hidalgos), concediendo ciertos derechos a los indígenas, a quienes ambos bandos consideraban inferiores.
Su segunda etapa se distinguió por acaecer la primera insurrección de esclavos negros (el 26 de diciembre de 1522), y por los continuos conflictos con la audiencia y los oficiales reales, culminando todo el proceso en el año 1523, en que el rey Carlos I de España y V del Sacro Imperio Romano Germánico le suspendió en sus funciones y le obligó a regresar a España, donde prosiguió los pleitos y siguió acompañando a la corte en sus continuos viajes.
Quien está enterrado en la Catedral de Sevilla es su hermano, don Hernando Colón.