En este período las Indias son gobernadas por Fernando II de Aragón, pero en todos los documentos oficiales (como por ejemplo el Requerimiento) aparecen Doña Juana y Don Fernando como reyes, ergo recibiendo como señor la mitad de las Indias.
Mientras en España residían las principales instituciones encargadas de ejecutar y asesorar al monarca en cuanto al gobierno de las posesiones, en América existieron otras figuras que hacían cumplir en el territorio lo ordenado por las primeras.
Se formó como una sección dentro del Consejo de Castilla para pasar a conformarse como entidad propia en 1807.
En 1511, según lo dispuesto en las Capitulaciones de Santa Fe, fue nombrado virrey Diego Colón, quien sí le dio importancia a dicho título.
Existió una evolución en la Corona Española respecto a la calidad de la persona que debía ocupar dicho cargo.
Debido a la gran extensión de sus posesiones en América, la Corona Española creó los siguientes virreinatos (virreynatos en la antigua ortografía) como las principales autoridades regionales: En el Imperio español, las gobernaciones eran una división administrativa, más o menos análoga a una provincia directamente debajo del nivel de la audiencia o capitanía general, y el virrey en áreas directamente bajo la administración de este.
Originalmente acompañaba al rey en sus viajes y estaba integrada por 70 oidores, aunque en tiempos de Juan II, llegaron a 100.
[9] Isabel la Católica dividió en 1494 dicha Audiencia en dos: la Real Audiencia de Valladolid, con competencia al norte del río Tajo; y la de Ciudad Real, con competencia al sur del mismo río.
[11] Las audiencias en América aunque poseían un grado importante de independencia, en la estructura colonial se encontraban bajo la supervisión del virrey.
Los cabildos municipales o cabildos coloniales fueron corporaciones municipales creadas en Canarias y posteriormente en vocaciones por las Indias, América y las Filipinas por el Imperio español para la administración de las ciudades.
El nombre completo con que se encabezaba cada uno era Muy Ilustre Cabildo, Justicia y Regimiento de....