Actualmente es comentarista de ciclismo en la Cadena COPE[2] con Óscar Pereiro, Samuel Sánchez y «Matxin».
Fue baja en Londres 2012 por lesión y se retiró del ciclismo tras disputar el mundial de Valkenburg 2012.
Este fue duramente criticado por la prensa por haber llevado a un corredor de 23 años que sólo había conseguido durante la temporada un 2.º puesto en el Trofeo Luis Ocaña y un 1.º en Hospitalet de Llobregat.
Arrancó fuerte la temporada, con triunfos parciales en la Challenge de Mallorca, en la Vuelta a la Comunidad Valenciana, en Tirreno Adriático y consiguió el tercer puesto en el primer monumento del año, la 'Classicissima', en su estreno en la Milán-San Remo tras un apretado sprint frente a Erik Zabel y Fabio Baldato.
También quedó 3.º en la Escalada a Montjuic además de una etapa parcial, y fue 2.º en el Trofeo Luis Puig.
[16] Sin embargo, con sólo 15 días de competición obtuvo una etapa y la clasificación por puntos en la Vuelta a Burgos.
También participó por primera vez en el Tour de Francia, ganando la segunda etapa tras superar a Robbie McEwen y Erik Zabel.
Poco más tarde ganó el primer monumento de la temporada tras imponerse a los mejores esprínteres del ciclismo en la Clásica de La Primavera, Milán-San Remo, acompañando a Miguel Poblet en tan distinguido palmarés.
[20] Para terminar la temporada fue primero en las carreras no oficiales de la Amstel Curaçao Race y en el Critérium Comunidad Valenciana.
Finalmente fue 3.º en la Copa del Mundo de ciclismo 2004, tras Paolo Bettini y Davide Rebellin, pódium nunca antes conocido por un español.
Fue capaz de ganar al mejor esprínter del momento, el italiano Alessandro Petacchi, para conseguir vencer la clasificación general de la Tirreno-Adriático llevándose además tres etapas y la clasificación por puntos.
[25] Semanas después hizo historia al convertirse en el primer español en ganar la Flecha Brabanzona.
Fue 6.º en la Milán-San Remo y se adjudicó la Flecha Brabanzona por segundo año consecutivo, pero tras este triunfo decidió no participar en el Tour de Flandes por miedo a los pavés y al dolor en la zona del isquion.
[30] Días después se hizo con su tercer título consecutivo en la Flecha Brabanzona, además de hacer pódium en la Gante-Wevelgem (fue 3.º), y 8.º en la Amstel Gold Race.
[37] El palmarés del año lo estrenó con dos etapas (1.ª y 6.ª) en la Tirreno-Adriático, además de obtener la clasificación por puntos.
[38] Era una de las primeras pruebas importantes del año y que le servía como preparación para la clásica Milán-San Remo, pero fue 8.º.
[39] Después, la racha de triunfos en la Flecha Brabanzona quedó cortada al ser 2.º, pero se resarció por partida doble.
Sin embargo, se retiró afectado por un virus, pero su compañero Samuel Sánchez ganó la medalla de oro.
[51] Tras un año malo empezó la temporada con una victoria en la Challenge de Mallorca, y 2 etapas en la Vuelta a Andalucía.
[52][53] Después acudió con gripe a la Tirreno-Adriático, donde no disputó ninguna etapa, pero le sirvió como entrenamiento de calidad para la Milán-San Remo.
[56] Por este motivo, a Freire le adjudicaron 2 etapas de la Vuelta al País Vasco 2010 en las que se había clasificado por detrás del murciano.
Pese a esto, la semana siguiente consiguió un nuevo triunfo histórico para el ciclismo español, al lograr la París-Tours al sprint, y conseguir además el récord Ruban Jaune, otorgado al ciclista más rápido en ganar una prueba de más de 200 km, ganándola con una velocidad media de 47.729 km/h.
En la ronda andaluza consiguió 2 etapas[61][62] y en la Carrera de los Dos Mares logró su primer triunfo en una contrarreloj por equipos (C.R.E.)
[66] Acudió también a la Flecha Brabanzona, no pudiendo estar presente en la fuga donde se disputaron el triunfo.
Esta vez estuvo en la selección final, pero no pudo hacer nada en la subida al Cauberg ante Philippe Gilbert.
En la Vuelta a España 2011 fue tercero en la 7.ª etapa, pero al día siguiente se retiró por una gripe.
[70] Fue su último año en activo, pero dejó patente que tenía fuerzas para continuar si hubiera decidido seguir.
Debutó con victoria con su nuevo equipo en el Tour Down Under y de regreso a Europa consiguió su segundo triunfo del año en la Vuelta a Andalucía, el último de su carrera deportiva.
En la Amstel Gold Race finalizó 4.º intentando ganar fugado, siendo superado únicamente en los últimos 50 metros por los tres integrantes del podio.
Entre los diversos homenajes que recibió tras su retirada, en pruebas cicloturistas como Mallorca 312 o Marcha Cicloturista Pedro Delgado, destaca la publicación de un libro biográfico de la editorial Titano Ediciones, escrito por el periodista Juanma Muraday.