Otros trenes que circularon hasta principios de la década de 1990 fueron «el Cóndor», también realizando el recorrido Retiro-Junín-Mendoza; y «el Aconcagua», que se extendía hasta San Juan y tenía escalas en las ciudades de Junín, Rufino, Laboulaye, Vicuña Mackenna, Justo Daract, Villa Mercedes y San Luis.Existía también el tren el Sanjuanino, un servicio adicional de Retiro a San Juan.Los trenes del San Martín lo completaban los servicios diarios entre Retiro, Junín y Rufino.El «Sierras Grandes» que unía Retiro, Villa Mercedes y Villa Dolores, en las temporadas de verano, tres veces por semana; y «el Sanrafaelino» de Retiro a San Rafael, vía Rufino, dos veces por semana.La paga de salarios quedó temporalmente a cargo del Estado Nacional.Se usa como nombre comercial «Línea San Martín», con la inscripción «LSM» en locomotoras y coches de pasajeros.[6] Poco después se dispuso que al nuevo Ferrocarril Nacional General San Martín se incorporaran a partir del 1 de enero de 1949 el Ferrocarril Trasandino Argentino y el ramal de unión de empalme en el km 1072-1073 a Paso de los Andes, el Ferrocarril de Pedro Vargas a Malargüe y su prolongación al sur (que el decreto n.º 32574 había incorporado al Ferrocarril Nacional General Belgrano) y los tramos Junín a Pergamino y Rufino a Venado Tuerto (que el decreto n.º 32574/1948 había incorporado al Ferrocarril Nacional General Bartolomé Mitre).Al nacionalizarse los ferrocarriles, no solo se incorporó al Estado Argentino el parque de locomotoras, vagones y vías, sino que se incluyeron miles de hectáreas productivas con pueblos incluidos.San Martín se hizo cargo del servicio entre Retiro, Junín e Iriarte.Sin embargo la devaluación del peso y la crisis económica del año 2002 llevó a que Metropolitano no pudiese afrontar los compromisos contraídos y el material tractivo fue retenido por una orden judicial.[cita requerida] Todo esto llevó a que el Gobierno reviera el contrato de concesión y se especulara con una posible revocación.La misma fue conformada por las otras tres empresas ferroviarias existentes: Ferrovías, Metrovías y Trenes de Buenos Aires.El servicio Especial o «Flecha de Plata», solo se detenía en las estaciones: Retiro, Palermo, Chacarita, Caseros, El Palomar y Hurlingham.El primero de estos trenes experimentales corrió a fines del 2009, sin ningún sobresalto.Sin embargo, en febrero de 2012, ambos gobiernos llegaron a un acuerdo: la Nación retiraría la medida cautelar, mientras que el gobierno de San Luis se comprometía en ayudar, con dinero e infraestructura, a construir una traza alternativa para el tren, si es que alguna vez volvía a circular por la provincia.Esa nueva traza pasaría por Donovan y Beazley, en la zona sur de la capital puntana.A mediados de 2014 no se había producido ningún avance.En 2014 por primera primera vez en 20 años que el ramal ferroviario expande su traza en vez de achicarse: la estación Manzanares en Pilar y la estación Cabred en Luján reabrieron sus puertas para ofrecer un servicio de tren hasta Retiro.Con esas incorporaciones, el San Martín se amplió con una extensión de 70 kilómetros.[19] La adquisición del nuevo material rodante significó también reformar todos los andenes de las estaciones entre Retiro y Pilar, que estaban preparados para servir a coches con escalerilla, porque las nuevas formaciones son con piso elevado.[20] Al completarse la renovación en abril de 2014, la línea contaba con material rodante nuevo adquirido a China: 160 coches remolcados y 24 locomotoras modelo CSR SDD7.En 2014 se inauguró su extensión hasta la ciudad de Luján y Pilar, retornaba el servicio de trenes entre Luján y Pilar, que fue clausurado en 1978 durante la última dictadura.La línea fue renovada 164 coches nuevos, 24 locomotoras, incrementando la capacidad de transporte en un 37 por ciento.
Locomotoras de BAP S. A., empresa responsable del servicio de cargas durante los años noventa.
Interior de los nuevos coches de la Línea San Martín
