[cita requerida] En poco años el Ferrocarril Andino comenzó a penetrar por el valle del río Mendoza.
La ejecución del proyecto, su administración y explotación comercial fue otorgada a una firma inglesa, encabezada por el ya mencionado Juan E. Clark, quien presentó en 1886 los estudios efectuados de la línea por el paso de Uspallata.
También se plantearon problemas en la perforación del túnel por la demora en los trabajos, debido a que se había abandonado la perforadora Ferroux, utilizada hasta ese momento y que fue sustituida por una de menor rendimiento.
El colosal emprendimiento había concluido, al menos en la anhelada etapa de su habilitación.
En Portillo se modifico el trazado del kilómetro 65 cerca de donde Actualmente se ubica el Complejo Aduanero Los Libertadores, el trazado original avanzaba por el Norte al Costado del Río Juncalillo.
En 1925 el trazado fue trasladado al sur del Río Juncalillo Para evitar Riesgo de Avalanchas.
[3] El último tren en cruzar la frontera fue una Locomotora eléctrica clase E-200 la cual viajaba con 5 trabajadores del Ferrocarril Trasandino quienes fueron; Luis Moyano (Maquinista), Jorge Ponce (Maquinista), Miguel Figueroa (Conductor), Julio Solari (Conductor) y Ericks Olivares (Revisador).
El tramo no fue reconstruido debido a la falta de recursos y el nulo interés del gobierno chileno por reparar la vía férrea.
por lo que se clausuró definitivamente el transporte de carga internacional del Ferrocarril.
[5][6][7] Su trazado comenzaba en la ciudad de Los Andes y subía a través del cajón del río Aconcagua y Juncal hasta Las Cuevas, donde se encontraba el túnel principal que cruzaba hasta Argentina.
Su construcción significó un gigantesco esfuerzo de la ingeniería, las finanzas y la diplomacia, ya que, al involucrar a dos países que para ese entonces se encontraban en litigio por la definición de sus fronteras, fue necesario redoblar los esfuerzos para conseguir todos los permisos y garantías necesarias.
Respecto del trazado desde Río Blanco hasta la frontera, se encuentra abandonado.
En muchos lugares las avalanchas y aluviones, tanto de nieve como roca, han arrastrado la línea o socavado el terreno sobre el cual estaba sustentada, por lo que es frecuente ver tramos donde los rieles se han quedado al aire.
El sector del Ramal A-12 recibe mantenimiento por parte de la Asociación Ferroviaria Ferrotur Trasandino que realiza paseos turísticos en zorras, ferrobús y bicitren.