Originalmente, se construyó para el Trasandino, para los servicios de carga y pasajeros que llegaban de Buenos Aires con destino a Chile.
Los pasajeros debían realizar el trasbordo de una estación a otra, lo cual estimuló la circulación de trenes, cargas y personas muy cerca del centro de Mendoza.
Pero a partir del 1 de enero de 1901 y hasta la clausura del servicio internacional, en 1979, los trenes de pasajeros del Trasandino partían directamente desde la estación de Belgrano y Las Heras, quedando la Estación Mendoza reservada para el despacho de cargas.
La situación se prolongó hasta 1934, cuando un aluvión en alta montaña dejó fuera de servicio cerca de 200 km del Trasandino, con estaciones destruidas y sin mayores posibilidades de reparación en el mediano plazo.
Los trenes internacionales de pasajeros comenzaron a salir de la estación del FC Pacifico, a partir de su nacionalización se vinculó con Ferrocarriles del Estado, fundamentalmente con la línea que llegaba desde Pie de Palo hasta Guaymallén.