Al año siguiente, con el inicio del servicio a Mercedes, abrió la estación Devoto.

En 1891 se inauguró la parada Bella Vista, y en 1896 la Estación San Miguel (por entonces llamada “General Sarmiento”).

Ese mismo año comienza la construcción en altura de la actual Estación Palermo.

El BAP había construido ese ramal principalmente para llegar con sus trenes de carga hasta el Riachuelo.

En 1991, en el marco del proceso de privatizaciones llevado adelante por el presidente Carlos Menem, todas las líneas urbanas (incluyendo al San Martín) dejan de ser operadas por Ferrocarriles Argentinos y pasan a serlo por una nueva empresa, Ferrocarriles Metropolitanos S.A. (FEMESA).

Aunque el Estado mantenía la propiedad de toda la infraestructura, era la primera vez en casi medio siglo que una empresa privada operaba este ramal.

[cita requerida] La mala gestión del grupo privado, la crisis económica, junto a la situación de tensión social, genera un escenario dramático.

A mediados del 2000 la empresa recibe un estudio técnico para elevar la traza entre Chacarita y Palermo, realizado por la de la firma Atec.

Se crea el Ministerio del Interior y Transporte, a cargo de Florencio Randazzo.

En lo que respecta al San Martín, a Randazzo le corresponde recibir el material rodante diésel encargado por Jaime, no obstante lo cual afirma que "la electrificación no está descartada" en un mediano plazo.

Esto dura hasta el 17 de abril del 2014, cuando todo el servicio comienza a ser prestado con las formaciones 0 km.

En 2014 por primera vez en 20 años que el ramal ferroviario expande su traza en vez de achicarse: la estación Manzanares en Pilar y la estación Cabred en Luján reabrieron sus puertas para ofrecer un servicio de tren hasta Retiro.

[14]​ La adquisición del nuevo material rodante significó también reformar todos los andenes de las estaciones entre Retiro y Pilar, que estaban preparados para servir a coches con escalerilla, porque las nuevas formaciones son con piso elevado.

[15]​ Al completarse la renovación en abril de 2014, la línea contaba con material rodante nuevo adquirido a China: 160 coches remolcados y 24 locomotoras modelo CSR SDD7.

[cita requerida] La estación La Paternal sería reconstruida en altura con dos vías extra, mientras que la nueva estación elevada Villa Crespo -ex Chacarita- contaría con un andén central de ocho metros de ancho y mejor acceso al Subte.

En la propuesta se pretende eliminar 12 pasos a nivel y la construcción de diez nuevas conexiones en las calles.

[28]​ En 2014 se anunció que el servicio comenzaba a funcionar con 160 coches y 24 locomotoras cero kilómetro recientemente compradas.

[19]​ Días después comenzaron a circular Los coches están construidos con materiales anti vandálicos y cada uno tiene capacidad para 78 pasajeros sentados.

Además, poseen espacios diseñados para personas con movilidad reducida y un sistema integral de información al pasajeros.

En 2014 comenzó la construcción de 49 andenes elevados definitivos en las estaciones de Retiro, Palermo, Chacarita, Paternal, Villa del Parque, Santos Lugares, Saénz Peña, Devoto, Caseros, El Palomar, Hurlingham, Sol y Verde, Pte.

Derqui, Villa Astolfi, Pilar, Muñiz, W. Morris, Bella Vista, San Miguel, José C. Paz.

[36]​ Al no contar con talleres propios para el mantenimiento pesado del parque tractivo, la Línea San Martín tiene delegada esta tarea en talleres privados, siendo la filial argentina de la empresa rusa TMH la encargada.