Otros trenes que circularon hasta principios de la década de 1990 fueron «el Cóndor», también realizando el recorrido Retiro-Junín-Mendoza; y «el Aconcagua», que se extendía hasta San Juan y tenía escalas en las ciudades de Junín, Rufino, Laboulaye, Vicuña Mackenna, Justo Daract, Villa Mercedes y San Luis.

Existía también el tren el Sanjuanino, un servicio adicional de Retiro a San Juan.

Los trenes del San Martín lo completaban los servicios diarios entre Retiro, Junín y Rufino.

El «Sierras Grandes» que unía Retiro, Villa Mercedes y Villa Dolores, en las temporadas de verano, tres veces por semana; y «el Sanrafaelino» de Retiro a San Rafael, vía Rufino, dos veces por semana.

La paga de salarios quedó temporalmente a cargo del Estado Nacional.

Se usa como nombre comercial «Línea San Martín», con la inscripción «LSM» en locomotoras y coches de pasajeros.

[6]​ Poco después se dispuso que al nuevo Ferrocarril Nacional General San Martín se incorporaran a partir del 1 de enero de 1949 el Ferrocarril Trasandino Argentino y el ramal de unión de empalme en el km 1072-1073 a Paso de los Andes, el Ferrocarril de Pedro Vargas a Malargüe y su prolongación al sur (que el decreto n.º 32574 había incorporado al Ferrocarril Nacional General Belgrano) y los tramos Junín a Pergamino y Rufino a Venado Tuerto (que el decreto n.º 32574/1948 había incorporado al Ferrocarril Nacional General Bartolomé Mitre).

Al nacionalizarse los ferrocarriles, no solo se incorporó al Estado Argentino el parque de locomotoras, vagones y vías, sino que se incluyeron miles de hectáreas productivas con pueblos incluidos.

San Martín se hizo cargo del servicio entre Retiro, Junín e Iriarte.

Sin embargo la devaluación del peso y la crisis económica del año 2002 llevó a que Metropolitano no pudiese afrontar los compromisos contraídos y el material tractivo fue retenido por una orden judicial.

[cita requerida] Todo esto llevó a que el Gobierno reviera el contrato de concesión y se especulara con una posible revocación.

La misma fue conformada por las otras tres empresas ferroviarias existentes: Ferrovías, Metrovías y Trenes de Buenos Aires.

El servicio Especial o «Flecha de Plata», solo se detenía en las estaciones: Retiro, Palermo, Chacarita, Caseros, El Palomar y Hurlingham.

El primero de estos trenes experimentales corrió a fines del 2009, sin ningún sobresalto.

Sin embargo, en febrero de 2012, ambos gobiernos llegaron a un acuerdo: la Nación retiraría la medida cautelar, mientras que el gobierno de San Luis se comprometía en ayudar, con dinero e infraestructura, a construir una traza alternativa para el tren, si es que alguna vez volvía a circular por la provincia.

Esa nueva traza pasaría por Donovan y Beazley, en la zona sur de la capital puntana.

A mediados de 2014 no se había producido ningún avance.

En 2014 por primera primera vez en 20 años que el ramal ferroviario expande su traza en vez de achicarse: la estación Manzanares en Pilar y la estación Cabred en Luján reabrieron sus puertas para ofrecer un servicio de tren hasta Retiro.

Con esas incorporaciones, el San Martín se amplió con una extensión de 70 kilómetros.

[19]​ La adquisición del nuevo material rodante significó también reformar todos los andenes de las estaciones entre Retiro y Pilar, que estaban preparados para servir a coches con escalerilla, porque las nuevas formaciones son con piso elevado.

[20]​ Al completarse la renovación en abril de 2014, la línea contaba con material rodante nuevo adquirido a China: 160 coches remolcados y 24 locomotoras modelo CSR SDD7.

En 2014 se inauguró su extensión hasta la ciudad de Luján y Pilar, retornaba el servicio de trenes entre Luján y Pilar, que fue clausurado en 1978 durante la última dictadura.

La línea fue renovada 164 coches nuevos, 24 locomotoras, incrementando la capacidad de transporte en un 37 por ciento.