Esta situación se vio agravada aún más debido a la crisis de 2001.

Si bien en un principio la UEPFP fue pensada como un organismo de transición hasta la privatización del servicio, se fue manteniendo con los años aunque hubo algunos intentos de venderla a algún inversor privado por parte del gobierno provincial.

Hacia 2006 Ferrobaires mostraba problemas de mantenimiento en locomotoras, lo que motivó mayores reducciones en los servicios prestados, frecuentes demoras y cancelaciones.

[14]​ Este hecho impidió el regreso de los servicios entre Plaza Constitución y Pinamar durante casi una década, que se restableció brevemente durante 2015 para luego dejar de funcionar nuevamente por problemas con la crecida del Río Salado.

[15]​ En julio de 2012, la UEPFP comenzó a operar un nuevo servicio hacia el sur de la provincia, llegando a San Miguel del Monte, Cañuelas, Las Flores, Rauch y Tandil.

Con ello, se levantaron los servicios ferroviarios de los ramales que se dirigen a las localidades de Tandil, 25 de Mayo, Chascomús, Bragado, Junín y Alberdi, a Bahía Blanca vía Pringles y a La Pampa, Coronel Boerr, Cacharí, Hinojo, Las Martinetas, Laprida, Pringles, Villa Ventana y Saldungaray.

[5]​Tras una larga disputa con el gobierno nacional, se decidió traspasar los servicios a Ferrocarriles Argentinos.