El tramo entre Apóstoles y Posadas se encuentra inactivo debido a las obras complementarias de la Represa de Yacyretá que inundaron la vía de acceso a la ciudad, y entre Federico Lacroze y Pilar, no circula el servicio por causas desconocidas.

[1]​ En 2012 al rescindirse el contrato con Trenes de Buenos Aires, todos los servicios fueron eliminados.

Todo esto hace imposible su llegada a Federico Lacroze, debido a que también, Trenes Argentinos Cargas ya tiene su patio de maniobras y el movimiento concentrado en la Estación Zarate.

Desde el 2018 la Asociación Amigos del Urquiza, realiza recorridos con una zorra desde la estación Pilar a Zarate.

[5]​ El servicio comenzó a prestarse por la empresa Trenes Especiales Argentinos S.A. (TEA), bajo una concesión precaria por 20 años otorgada por la provincia de Corrientes.

Sin embargo, TEA se destacó por absorber una gran demanda de pasajeros, corriendo con un tren largo en época de verano (llevando hasta 17 vehículos por viaje) y manteniendo tarifas relativamente bajas, aspecto que sedujo a los pasajeros que priorizaban el traslado a un costo accesible por sobre otros factores como el tiempo de viaje.

Debido a la crecida de la cota de la represa Yacyretá, cuyas aguas inundaron la vía, y para lo cual no hubo ninguna planificación anticipada que prevea desviar los trenes por una variante alternativa, el 23 de agosto de 2008 el corredor perdió su acceso a Posadas, debiendo finalizar en Garupá,[6]​ pero luego el recorrido debió finalizar en Apóstoles, al inundarse el tramo entre estas dos estaciones.

[7]​ Desde entonces, el gremio de conductores de trenes La Fraternidad se rehusó a colaborar con el funcionamiento del tren aludiendo deficiencias técnicas y legales en la operación, quedando suspendido definitivamente.

[8]​ Luego de esto, la formación principal del Gran Capitán fue remolcada y trasladada desde Caza Pava hasta la estación Gobernador Virasoro, donde desde entonces descansa en completo estado de abandono.

Esta decisión generó algo de polémica ya que TBA venía siendo muy cuestionada por sus servicios deficientes en las líneas metropolitanas Mitre y Sarmiento.

[14]​ El Estado nacional, aprovechando la presencia de TBA con el tren binacional, le encargó que corra también a Misiones dada la ausencia del Gran Capitán.

Además la salida del tren se realizaba desde Pilar, sin combinación ni vinculación alternativa entre ésta y la ciudad de Buenos Aires.

El edificio original de la estación Posadas fue demolido y se construyó una réplica inaccesible para el tren.

El tramo entre Apóstoles y Posadas estaba cubierto por buses gratuitos para los pasajeros.

El servicio estación Paraná-estación Concepción del Uruguay sobre el ramal Paraná-Basavilbaso-Concepción del Uruguay de 280 km, con 24 paradas intermedias fue puesto en marcha el 28 de junio de 2010 con un coche motor Materfer los días viernes desde Paraná a Concepción del Uruguay con regreso los días domingos.

[25]​[26]​ El servicio urbano de pasajeros entre Paraná y Colonia Avellaneda opera desde 2011 con 8 paradas intermedias en 11 km.

[27]​ El 6 de septiembre de 2022 se realizó una prueba hasta el apeadero Enrique Berduc, para extender el servicio hasta la estación La Picada durante el transcurso del mes.

Se prevé restablecer el ramal entre Basavilbaso y el puerto de Concepción del Uruguay, que estuvo activo para cargas hasta 2002 y para pasajeros hasta febrero de 2016, ya que las cargas con ese destino deben traspasarse a camiones en Basavilbaso.

[38]​ En ramal internacional entre Paso de los Libres y Uruguayana se encuentra inactivo desde 2017.