En Colombia se llama «paramilitares» a los grupos armados ilegales de extrema derecha que se autodenominan como autodefensas, que están generalmente ligados al narcotráfico, y que en el contexto del conflicto armado del país, han tenido nexos clandestinos con miembros de las fuerzas militares o de policía.[6] Para el año 2013 habían sido condenados 60 congresistas por sus vínculos con grupos armados ilegales dentro de este proceso.[7] Aunque mucho se especulaba sobre el poderío político de las autodefensas en el país, no fue sino hasta 2006 que se empezaron a revelar hechos y acusaciones concretas sobre cómo los grupos criminales de extrema derecha, con financiación del narcotráfico, se habían adentrado en los gobiernos seccionales, el Congreso, la política, los debates electorales y las Fuerzas Armadas.[11] Ya en diciembre el expresidente César Gaviria, presidente del Partido Liberal advertía sobre la presencia de paramilitares en las listas uribistas.[14] Medios de comunicación como la Revista Semana revelaron varias de estas acusaciones que pusieron en aprietos a Noguera, situación que causó la indignación del presidente Uribe quien se enfrentó a los medios y dijo que "pondría las manos en el fuego por él", no obstante Noguera se vio obligado a renunciar y fue nombrado como cónsul en Milán.La Corte estableció que para que los jefes paramilitares pudieran acceder a los beneficios judiciales debían: Es entonces cuando los jefes paramilitares concentrados en cárcel de máxima seguridad comienzan sus revelaciones para poder acogerse a dicha ley.[21][22][23] Durante el mismo debate Petro señaló al senador Álvaro García Romero, conocido como El gordo García, presentando una grabación y otros documentos que lo comprometían con supuesta conformación de grupos paramilitares en Sucre y su presunta participación en la "Masacre de Macayepo" donde fueron asesinadas 15 personas.[25][26] Dichos hechos fueron el comienzo del escándalo donde terminaron detenidos tres congresistas que están siendo investigados.Carlos Castaño se negó a respaldar la iniciativa y reiteró las objeciones que ya venía haciendo en contra de los entonces líderes del Bloque Central Bolívar de las AUC, Iván Roberto Duque alias Ernesto Báez y Carlos Mario Jiménez alias Macaco, por sus nexos con la producción de drogas ilícitas.[31] Al conocerse la noticia el presidente Álvaro Uribe Vélez declaró que de encontrarse culpable a Noguera el debería pedir excusas al país por haberlo nombrado.Por tales hechos varios sectores de la vida política han puesto en duda la legitimidad del Congreso.[44] Adicionalmente a esto también fueron privados de la libertad varios congresistas que habían firmado el Pacto de Ralito mientras empezaron a ser involucrados dirigentes de gran poder político como es el caso del Senador Luis Alberto Gil, líder del movimiento Convergencia Ciudadana quien presuntamente y junto con otros políticos del departamento de Santander mantenía alianzas con alias Ernesto Báez, Gil renunció a su escaño en el Senado por lo que su proceso pasó a la Fiscalía.Así las cosas, se empezaron a evaluar alternativas para frenar la creciente deslegitimación del Congreso.[53] La renuncia al fuero ya había sido utilizada también por el exsenador Jairo Merlano y después de este hecho siguió siendo solicitada por varios de los implicados en el proceso.[56] No obstante los proyectos alrededor de esta figura jurídica han enfrentado grandes controversias y oposiciones.De igual forma el magistrado César Julio Valencia denunció amenazas contra su familia.En el comunicado "Tasmania" aseguraba que el magistrado auxiliar de la CSJ, Iván Velásquez, le había ofrecido beneficios judiciales a cambio de implicar al presidente Uribe y al empresario Ernesto Garcés Soto en un atentado contra un excomandante del suroeste antioqueño de las AUC conocido como "René", así como implicaciones a Mario Uribe Escobar, primo del Presidente y quien ya estaba vinculado al proceso de investigación.[58] En junio de 2008 alias Tasmania manifestó su intención de retractarse en sus acusaciones al magistrado Velásquez y aseguró que todo había sido orquestado por su abogado[59] quien a su vez era el abogado del exparamilitar alias 'el Tuso' quien según 'Tasmania' ejercía presión para que declarara en contra del magistrado Velásquez por presuntas presiones provenientes de Mario Uribe y de Santiago Uribe Vélez, hermano del presidente Uribe.[60] La Fiscalía cerró el proceso de investigación del magistrado Velásquez a su favor.[5] A la polémica reunión clandestina con alias Job asistieron Cesar Mauricio Velásquez jefe de prensa de la Casa de Nariño y a quien los paramilitares llamaban "El Curita" según las grabaciones reveladas, también asistió el secretario jurídico Edmundo del Castillo así como el embajador en República Dominicana Juan José Chaux.La decisión se tomó, según el gobierno, porque los paramilitares seguían delinquiendo desde las cárceles.Maloof, a quien se le atribuyen nexos con el paramilitar alias Jorge 40, fue hallado culpable de concierto para delinquir, constreñimiento al elector y fraude electoral.Benito Rebollo reconoció sus nexos con el paramilitar alias "Diego Vecino" quien le dio apoyo para llegar al congreso de la república, por someterse a sentencia anticipada recibió la rebaja del 40% de la pena.[99] En junio de 2008 fue absuelto Jairo Enrique Merlano quien estaba siendo procesado por la justicia ordinaria; la Fiscalía informó que apelaría la decisión.El día anterior el presidente Uribe había citado a una rueda de prensa en la Casa de Nariño donde anunció públicamente la decisión tomada por Al Gore, la cual lamentó.Asimismo, Uribe rechazó dichas acusaciones, las cuales consideró calumnias, y presentó su versión sobre varias de ellas.En 2007, tanto Senado como Cámara tuvieron problemas para sesionar, ya que algunos de los implicados presidían algunas comisiones en el congreso.
Fragmento del documento donde aparece la firma de los máximos jefes de las autodefensas junto a la de varios políticos.
El entonces presidente Álvaro Uribe vio afectada su imagen en el exterior por cuenta del escándalo. En Washington dio declaraciones a la prensa y se enfrentó a un grupo de manifestantes.
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El congreso fue señalado por la opinión pública de perder su legitimidad.
Hernando Molina Araújo gobernador del
Cesar
; presuntamente colaboraba con las AUC bajo el alias de 'Comandante 35'
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Magistrado
Iván Velásquez
, coordinador de las investigaciones de la Parapolítica.
La extradición de los máximos jefes paramilitares en mayo de 2008 generó controversia. En la foto
Salvatore Mancuso
escoltado por agentes de la
DEA
.
Protestas en Washington durante la visita de Uribe en contra del TLC y de la violación de los Derechos Humanos en Colombia.
Se cuestiona la legitimidad del poder legislativo.
La canciller
María Consuelo Araújo
renunció a su cargo tras la vinculación de algunos de sus familiares al proceso judicial.